NASTAVNO – NAUČNOM VEĆU

Транскрипт

1 Биолошки факултет Број захтева:15/169-1 Датум: УНИВЕРЗИТЕТ У БЕОГРАДУ ВЕЋУ НАУЧНИХ ОБЛАСТИ ПРИРОДНИХ НАУКА З А Х Т Е В за давање сагласности на предлог теме докторске дисертације Молимо да, сходно члану 46. ст. 5. тач. 3. Статута Универзитета у Београду («Гласник Универзитета», број 131/06), дате сагласност на предлог теме докторске дисертације: Анализа природе резистенције на хинолоне и молекуларна типизација одабраних серотипова Salmonella enterica subspecies enterica. НАУЧНА ОБЛАСТ: Биологија, Молекуларна биологија бактерија. ПОДАЦИ О КАНДИДАТУ: 1. Име, име једног родитеља и презиме кандидата: Мр Гордана В. Козодеровић 2. Назив и седиште факултета на коме је стекао високо образовање: Биолошки факултет Универзитета у Београду. 3. Година дипломирања: Назив магистарске тезе кандидата: Примена метода молекулске генетике у испитивању епидемиолошких маркера изолата Shigella flexneri 2a. 5. Назив факултета на коме је магистарска теза одбрањена Биолошки факултет Универзитета у Београду. 6. Година одбране магистарске тезе:2001. Обавештамо Вас да је Наставно-научно веће Биолошког факултета Универзитета у Београду, на VI редовној седници одржаној 08. априла год. размотрило предложену тему и закључило да је тема подобна за израду докторске дисертације. Декан Биолошког факултета Проф. др Јелена Кнежевић- Вукчевић Прилог: 1. Предлог теме докторске дисертације са образложењем. 2. Акт надлежног тела факултета о подобности теме за израду докторске дисертације. 1

2 15/ На основу члана 128. Закона о високом образовању и члана 59. став 1. тачка 12. Статута Биолошког факултета Универзитета у Београду, Наставно-научно веће Факултета, на VI редовној седници одржаној 08. априла године, донело је О Д Л У К У Прихвата се Извештај Комисије за оцену испуњености услова и научне заснованости теме докторске дисертације кандидата: Мр Гордане В. Козодеровић, дипломираног биолога, под насловом: Анализа природе резистенције на хинолоне и молекуларна типизација одабраних серотипова Salmonella enterica subspecies enterica. За ментора се именују: 1. Др Јелена Лозо, доцент Биолошког факултета Универзитета у Београду; 2. Др Весна Милошевић, ванредни професор Медицинског факултета Универзитета у Новом Саду. Доставити: - Универзитету у Београду, - докторанту, - ментору; - Стручној служби Факултета Декан Биолошког факултета Проф. др Јелена Кнежевић- Вукчевић 2

3 NASTAVNO NAUĈNOM VEĆU BIOLOŠKOG FAKULTETA UNIVERZITETA U BEOGRADU Na V redovnoj sednici Naučno nastavnog veća Biološkog fakulteta Univerziteta u Beogradu održanoj 4. marta godine, određeni smo u Komisiju za ocenu ispunjenosti uslova i naučne zasnovanosti predložene teme za izradu doktorske disertacije mr Gordane Kozoderović, pod naslovom: Analiza prirode rezistencije na hinolone i molekularna tipizacija odabranih serotipova Salmonella enterica subspecies enterica. Na osnovu podnete dokumentacije i uvida u dosadašnji rad mr Gordane Kozoderović, Komisija podnosi Nastavno-naučnom veću Biološkog fakulteta sledeći: A. Opšti podaci o kandidatu: I Z V E Š T A J Ime, srednje slovo i prezime: Gordana V. Kozoderović Datum i mesto roċenja: 7. maj godine, Sombor, Srbija Zaposlen (radna organizacija): Diplomirani biolog, istraživač saradnik, šef odseka za molekularnu biologiju, Institut za javno zdravlje Vojvodine, Novi Sad Kontakt telefoni: gocakozoderovic@gmail.com Obrazovanje: Srednja škola Veljko Vlahović u Somboru, prirodno matematički smer Diplomirani biolog, Biološki fakultet, Univerzitet u Beogradu Magistar bioloških nauka, Biološki fakultet, Univerzitet u Beogradu Struĉno usavršavanje: 2010 Najznačajnije infekcije kod bolnički i vanbolnički lečenih pacijenata. Kako ih suzbiti?, Medicinski fakultet, Novi Sad predavač 2010 Prevencija i kontrola infekcija povezanih sa medicinskim uslugama, Medicinski fakultet, Novi Sad predavač Trening kurs za internog proverivača sistema menadžmenta za standard ISO/IEC 17025, Beograd 3

4 2007. Practical and theoretical course: Methods in Molecular Microbiology, University College London, Velika Britanija Seminar and workshop on communicable diseases prevention and control, Zagreb, Hrvatska Trening kurs za internog proverivača sistema menadžmenta za standarde ISO 14001:1996 i 9001: 2000, Vrdnik Obuka iz oblasti molekularnih metoda u mikrobiologiji kao stipendista FEMS, Institut Pasteur, Pariz, Francuska Osnovi genetičkog inženjerstva: Izolovanje, obrada i elektroforetska analiza DNK, Institut za molekularnu genetiku i genetičko inženjerstvo, Beograd Projekti: Nacionalni projekti: Odabrane biološke opasnosti za bezbednost/kvalitet hrane animalnog porekla i kontrolne mere od farme do potrošača (Ministarstvo nauke i tehnološkog razvoja, TR31034) MeĊunarodni projekti: Ĉlanstvo u nauĉnim društvima: Udruženje mikrobiologa Srbije Strani jezici: Engleski - tečno govori, čita i piše Francuski govori Nauĉna oblast: Biologija Uža nauĉna oblast: Molekularna biologija bakterija Posebne aktivnosti i priznanja: 4

5 B. Bibliografija: 1. Publikovani nauĉni i struĉni radovi iz uže nauĉne oblasti: 1. Kozoderović G, Velhner M, Jelesić Z, Stojanov I, Petrović T, Stojanović D, Golić N. (2011) Molecular typing and antimicrobial resistance of Salmonella Enteritidis isolated from poultry, food, and humans in Serbia. Folia Microbiol 56, in prеss. (M23) 2. Velhner M, Kozoderović G, Jelesić Z, Stojanov I, Ratajac R, Stojanović D. (2010) Rezistencija bakterija na hinolone i njen uticaj na zdravlje ljudi i životinja. Vet Glasnik 64, (M51) 3. Kulauzov M, Mihajlović-Ukropina M, Jelesić Z, Medić D, Kozoderović G. (2010) Sensitivity of bacteria to antimicrobial drugs and interpretation of results. Med Pregl 63, (M51) 4. Velhner M, Kozoderović G, Jelesić Z. (2007) Molekularna karakterizacija Salmonella enterica serotip Enteritidis: priznate metode i njihova primena u određivanju klonalnog diverziteta. Savremena poljoprivreda 56, (M52) 5. Kulauzov M, Jelesić Z, Mihajlović-Ukropina M, Kozoderović G, Jovanović J, Sević S. (2003) Rezistencija bakterija na antimikrobne lekove-mehanizmi i značaj. Pharmaca Iugoslavica 41, (M52) 6. Jelesić Z, Kulauzov M, Kozoderović G. (2000) Analiza plazmidskih profila različitih serotipova Salmonella. Med Pregl 53, (M51) 7. Jelesić Z, Kulauzov M, Kozoderović G. (1998) Šigele izolovane u godini plazmidski profil i rezistencija na antibiotike. Med pregl 51, (M51) 8. Jelesić Z, Kulauzov M, Kozoderović G. (1996) Plazmidi rezistencije i problemi etiološke terapije šigeloza. Pharmaca Iugoslavica 34, (M52) 9. Debeljački S, Kulauzov M, Kozoderović G. (1996) Značaj rezistencije na antimikrobne lekove u bakterija uzročnika bolničkih infekcija. Pharmaca Iugoslavica 34, (M52) 10. Kozoderović G, Kulauzov M, Mandić A. (1996) Transfer of resistance genes from Shigella strains by conjugation in vitro-method modification. Yugoslav physiol et pharmacol acta.; 32, Magistarska teza: Primena metoda molekulske genetike u ispitivanju epidemioloških markera izolata Shigella flexneri 2a, Biološki fakultet, Univerzitet u Beogradu C. Tema doktorske disertacije: Naslov disertacije: Analiza prirode rezistencije na hinolone i molekularna tipizacija odabranih serotipova Salmonella enterica subspecies enterica Podruĉje istraživanja: Molekularna genetika patogenih bakterija Polazne osnove: 5

6 Salmonele spadaju među najznačajnije patogene bakterije familije Enterobacteriaceae i predmet su intenzivnih istraživanja u humanoj i veterinarskoj medicini. Serotipovi koji izazivaju crevne infekcije kod ljudi pripadaju podvrsti Salmonella enterica subspecies enterica. S obzirom da su salmonele ubikvitarne i rasprostranjene među mnogim životinjskim vrstama, ljudi se najčešće inficiraju putem konzumacije hrane animalnog porekla. Na našem području najčešći izvor infekcije za ljude su jaja i živinsko meso. Infekcije salmonelama predstavljaju veliki problem javnog zdravlja širom sveta, naročito u zemljama u razvoju. U cilju prevencije salmoneloza među ljudima važno je otkrivanje izvora, puteva i načina širenja salmonela u lancu proizvodnje, distribucije namirnica i ishrane kao i u slučajevima epidemija. Savremena epidemiološka istraživanja u tu svrhu oslanjaju se na molekularnu tipizaciju izolata identifikovanih u epidemiološki povezanim uzorcima. Višestruko rezistentni izolati salmonela pojavili su se početkom 1990-tih godina prošlog veka, a tokom protekle decenije zabeležen je fenomen smanjene osetljivosti raznih serotipova salmonela na fluorohinolone. Ovo je posledica široke upotrebe fluorohinolona u veterinarskoj medicini kako u profilaktičke, tako i terapeutske svrhe. Rezistencija salmonela na više antibiotika istovremeno, udružena sa rezistencijom na fluorohinolone i cefalosporine proširenog spektra, smanjuje mogućnosti izbora terapije u lečenju ozbiljnih infekcija uzrokovanih ovim bakterijama. Istraživanja smanjene osetljivosti salmonela na fluorohinolone su dovela do otkrića raznih molekularnih mehanizama: od mutacija na genima koji kodiraju subjedinice enzima giraze, preko smanjene permeabilnosti ćelijske membrane, učešća efluks pumpe odgovorne za pojačano izbacivanje antibiotika iz bakterijske ćelije, do plazmidski determinisane rezistencije. Karakteristično za izolate sa smanjenom osetljivošću na fluorohinolone je da su oni rezistentni na starije hinolonske antibiotike kao što je nalidiksična kiselina. Kada su salmonele u pitanju, ova rezistencija je posledica pojedinačne tačkaste mutacije locirane najčešće u takozvanom QRDR (quinolone resistance determining region) gyra gena. Predmet istraživanja: Prema dostupnoj literaturi, podaci o širokoj zastupljenosti salmoneloza među ljudima i životinjama namenjenim ljudskoj ishrani ukazuju da monitoring sojeva salmonela u lancu ishrane i u ljudskoj populaciji ima veliki javno-zdravstveni značaj. Pojava višestruko rezistentnih izolata, a naročito onih sa smanjenom osetljivošću na fluorohinolone ukazuje na potrebu genetičke karakterizacije ovih izolata. Stoga će predmet istraživanja ove doktorske disertacije biti molekularna tipizacija sporadičnih i epidemiološki povezanih izolata salmonela poreklom iz pilića, ljudi i hrane na području Vojvodine, kao i ispitivanje prirode mutacija kod izolata različitih serotipova salmonela rezistentnih na nalidiksičnu kiselinu. Cilj i zadaci istraživanja: Ciljevi i zadaci istraživanja ove doktorske disertacije su: - Određivanje zastupljenosti rezistencije na antimikrobne lekove u kolekciji izolata salmonela poreklom iz pilića, ljudi i hrane identifikovanih u periodu od do godine na području Vojvodine; - Detekcija sojeva salmonela sa smanjenom osetljivošću na fluorohinolone i određivanje nivoa smanjenja osetljivosti; 6

7 - Identifikacija molekularnih mehanizama odgovornih za rezistenciju na nalidiksičnu kiselinu i smanjenu osetljivost na fluorohinolone detekcijom tačkastih mutacija u QRDR regionima gyra, gyrab, par C i pare gena, kao i eventualnog učešća drugih mehanizama rezistencije na fluorohinolone. Dostupna istraživanja ukazuju na izvesnu varijabilnost u lokaciji i tipu mutacija u QRDR regionima koja se može povezati sa različitim serotipovima kao i sa različitim nivoima smanjene osetljivosti na fluorohinolone; - Ispitivanje eventualnog klonalnog širenja pojedinih sojeva sa određenim tipom mutacija koje uzrokuju smanjenu osetljivost na fluorohinolone; - Molekularno epidemiološko ispitivanje korišćenjem metoda tipizacije i evaluacija diskriminativne moći sistema tipizacije poređenjem epidemiološki povezanih i sporadičnih izolata salmonela. Prethodna istraživanja ukazuju na zadovoljavajuću diskriminativnu moć brzih molekularnih metoda kada je u pitanju analiza povezanosti izolata kod kratkotrajnih epidemija. Hipoteze istraživanja: Prethodna istraživanja su ukazala na veliki značaj monitoringa salmonela u lancu proizvodnje i distribucije hrane i u ljudskoj populaciji. S obzirom na sve širu rasprostranjenost višestruko rezistentnih sojeva salmonela, naročito onih sa smanjenom osetljivošću na fluorohinolone, očekuje se detekcija takvih sojeva i među izolatima u ovom istraživanju. Takođe, u literaturi su dokazani slučajevi klonalnog širenja pojedinih sojeva, te takva mogućnost postoji i na ovom području. Uvidom u prirodu mutacija izolata salmonela koji ispoljavaju smanjenu osetljivost na fluorohinolone, kao i molekularnom tipizacijom ustanoviće se eventualna klonalna ekspanzija pojedinih sojeva. Brze molekularne metode tipizacije omogućiće diskriminaciju epidemijski povezanih izolata od sporadičnih. Metode istraživanja: Materijal: Izolati salmonela poreklom iz pilića, ljudi i hrane identifikovani u periodu od do godine na području Vojvodine; referentni ATCC sojevi (komercijalno dostupni). Metode: disk-difuzioni metod ispitivanja osetljivosti na antimikrobne lekove prema CLSI standardu; agar-dilucioni metod za određivanje minimalnih inhibitornih koncentracija antibiotika prema SLSI standardu; mikrodilucioni metod za ispitivanje uticaja efluks pumpe u mehanizmima rezistencije; PCR; sekvenciranje; RAPD-PCR; određivanje indeksa diskriminacije i Dice koeficijenta; statistički testovi. Oĉekivani rezultati i nauĉni doprinos: Analizom rezistencije na antimikrobne lekove očekuje se dokazivanje pojave rezistentnih izolata kod salmonela poreklom iz životinja, hrane i ljudi sa ovog područja, pa i onih rezistentnih na hinolone. Na osnovu genetskog polimorfizma mutacija koje uzrokuju smanjenu osetljivost ili rezistenciju na fluorohinolone ustanoviće se eventualno klonalno širenje ovakvih sojeva. Analiza rezistencije i tipizacija izolata brzim molekularnim metodama omogućiće uvođenje monitoringa rezistentnih sojeva salmonela na ovom području u cilju prevencije njihovog širenja u lancu ishrane i populaciji. 7

8 Relevantni polazni bibliografski izvori o predloženom istraživanju: 1. Kehrenberg C, Jong A, Friederichs S, Cloeckaert A, Schwarz S. (2007) Molecular mechanisms of decreased susceptibility to fluoroquinolones in avian Salmonella serovars and their mutants selected during the determination of mutant prevention concentrations. J. Antimicrob. Chemother. 59, Eaves DJ, Randall L, Gray DT, Buckley A, Woodward MJ, White AP, et al. (2004) Prevalence of mutations within the quinolone resistance-determining region of gyra, gyrb, parc, and pare and association with antibiotic resistance in quinolone-resistant Salmonella enterica. Antimicrobial Agents Chemother. 48, Kilmartin D, morris d, O Hare C, Corbett-Feeney G, Cormican M. (2006) Clonal expansion may account for high levels of quinolone resistance in Salmonella enterica serovar Enteritidis. Appl. Environ. Microbiol. 71, Betancor L, Schelotto F, Martinez A, Pereira M, Algorta G, Rodrigez MA, Vignoli R, Chabalgoity A. (2004) Random amplified polymorphic DNA and phenotyping analysis of Salmonella enterica serovar Enteritidis isolates collected from Humans and poultry in Uruguay from 1995 to J. Clin. Microbiol. 42, Santos LR, Dos Ribeiro AR, de Oliveira SD, Rodrigues LB, Flores ML, Lopes RFF, do Nascimento VP. (2008) RAPD/PCR and phage typing of Salmonella Enteritidis isolated from poultry and food poisoning outbreaks. Arq. Inst. Biol. Sao Paulo 75, Stevenson JE, Gay K, Barrett TJ, Medalla F, Chiller TM, Angulo FJ. (2007) Increase in nalidixic acid resistance among non-typhi Salmonella enterica isolates in the United States from 1996 to Antimicrob. Agents Ch. 51, Smith SI, Fowora MA, Goodluck HA, Nwaokorie FO, Aboaba OO, Opere B. (2011) Molecular typing of Salmonella spp isolated from food handlers and animals in Nigeria. Int. J. Mol. Epidemiol. Genet. 2, Morshed R, Peighambari SM. (2010) Drug resistance, plasmid profile and random amplified polymorphic DNA analysis of Iranian isolates of Salmonella Enteritidis. New Microbiologica 33, Chansiripornchai N, Ramasoota P, Bangtrakulnonth A, Sasipreeyajan J, Svenson SB. (2000) Application of randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis for typing Avian Salmonella enterica subsp. enterica. FEMS Immunol. Med. Microbiol., 29, Crump JA, Barrett TJ, Nelson JT, Angulo FJ. (2003) Reevaluating fluoroquinolone breakpoints for Salmonella enterica serotype Typhi and for non-typhi salmonellae. Clin. Infect. Dis. 37, Institucije u kojima će se obaviti istraživanja Laboratorija za koprologiju Centra za mikrobiologiju Instituta za javno zdravlje Vojvodine u Novom Sadu i Laboratorija za molekularnu genetiku industrijskih mikroorganizama, Institut za molekularnu genetiku i genetičko inženjerstvo, Univerzitet u Beogradu. 8

9 D. Zakljuĉak i predlog: Infekcije salmonelama kod ljudi i životinja namenjenih ljudskoj ishrani predstavljaju veliki problem javnog zdravlja širom sveta. Literaturni podaci ukazuju na sve veću učestalost sojeva rezistentnih na antimikrobne lekove, naročito fluorohinolone, što smanjuje mogućnost izbora u terapiji ozbiljnih infekcija izazvanih salmonelama. Iako je priroda rezistencije na hinolone intenzivno proučavana tokom prethodnih godina, i dalje se otkrivaju novi molekularni mehanizmi uključeni u rezistenciju. Uvođenje brzih molekularnih metoda tipizacije u monitoring salmonela na ovim prostorima omogućiće praćenje i sprečavanje širenja sojeva salmonela u lancu ishrane i u epidemijama među ljudima. Iz podataka navedenih u svetskoj naučnoj literaturi, jasno je da je tema koju predlaže kandidat veoma aktuelna i da predloženi pristup istraživanja obuhvata savremene metode kliničke i molekularne mikrobiologije kao i molekularne genetike. Aktuelnost i značaj predložene teme, kao i savremen eksperimentalni pristup u dobijanju rezultata, odgovaraju zakonskim i naučnim zahtevima koji se postavljaju za doktorsku tezu. Zbog toga smatramo da je prijavljena tema po svojoj aktuelnosti i načinu obrade prihvatljiva kao osnov za izradu doktorske teze i predlažemo Nastavno-naučnom veću Biološkog fakulteta da prihvati prijavljenu temu doktorske disertacije mr Gordane Kozoderović pod naslovom Analiza prirode rezistencije na hinolone i molekularna tipizacija odabranih serotipova Salmonella enterica subspecies enterica. Beograd, Komisija: dr Nataša Golić, viši naučni saradnik Institut za molekularnu genetiku i genetičko inženjerstvo, Univerzitet u Beogradu dr Jelena Lozo, docent Biološki fakultet, Univerzitet u Beogradu dr Maja Velhner, naučni savetnik Veterinarski Institut, Novi Sad 9