Изборном већу Биолошког факултета Универзитета у Београду На X редовној седници Изборног већа Биолошког факултета од године изабрани смо у

Изборном већу Биолошког факултета Универзитета у Београду На X редовној седници Изборног већа Биолошког факултета од 10.05.2019.године изабрани смо у Комисију за реизбор једног ванредног професора за ужу научну област Биофизика на Катедри за општу физиологију и биофизику у Институту за физиологију и биохемију. На оглас објављен у листу Послови 22.05.2019. године јавио се један кандидат, др Марко Ђорђевић, ванредни професор. Тим поводом Комисија подноси следећи ИЗВЕШТАЈ 1. БИОГРАФСКИ ПОДАЦИ Марко Ђорђевић је рођен у Београду, 13. децембра 1976. године, где је завршио основну и средњу школу. У јулу 1995. године је освојио бронзану медаљу на XXVI Meђународној олимпијади из физике у Канбери, Аустралија. Исте године је уписао Физички факултет Универзитета у Београду, на коме је дипломирао јуна 2000. године, са просечном оценом 9.93 и оценом 10 на дипломском испиту. Током основних студија je добио награду Проф. др Ђорђе Живановић коју Физички факултет и Институт за физику додељују најбољим студентима у генерацији, пет година је био стипендиста Републичке фондације за развој научног подмлатка, а три године стипендиста фондације Мадлена Јанковић. У септембру 2000. године, М. Ђорђевић је уписао докторске студије физике на Колумбија Универзитету, као стипендиста универзитета. У октобру 2005. године, М. Ђорђевић је, као први у генерацији докторских студија, докторирао на тези из биофизике под насловом Биофизика и биоинформатика транскрипционе регулације бактерија и бактериофага (Biophysics and bioinformatics of transcription regulation in bacteria and bacteriophages ). Од октобра 2005. до августа 2008. године, био је последокторски стипендиста на Институту за математичку биологију на Државном Универзитету Охаја. Његове докторске и последокторске студије такође укључују интердисциплинарно усавршавање кроз учешће на већем броју дужих научних програма из биофизике, као и полугодишњи интензивни курс из експерименталне молекуларне биологије на Колумбија Универзитету. Од августа 2008. до маја 2010. године је био Assistant Professor of Physics на Државном Универзитету Арканзаса и на Институту Арканзаса за Биолошке Науке, а добио је и понуду за доцента Assistant Professor на NORDITA (Nordic Institute for Theoretical Physics) у Штокхолму, Шведска. У априлу 2010. године, изабран је за доцента, a у децембру 2014. године за ванредног професора на Биолошком факултету Универзитета у Београду. На Биолошком факултету води групу из биоинформатике и моделовања биолошких система. Такође, предаје групу предмета везаних за биоинформатику, биофизику и системску биологију на сва три нивоа студија. Радио је на низу проблема из молекуларне биологије и биофизике, а текуће истраживање му је усресређено на квантитативно разумевање бактеријских имунских система (CRISPR/Cas и рестрикционо-модификационих система). (Ко)аутор је 49 оригиналних научних радова, од чега је на 34 радова први или дописни (corresponding) аутор, или главни аутор задужен за моделовање (када су радови резултат сарадње са извођачима експерименталног дела). Средњи импакт фактор (IF) његових радова је 4.6 и радови су цитирани >1400 пута (по Google Schoolar-у). 34 радa су објављена по повратку у Србију, са средњим IF 4.4. Резултате истраживања је презентовао као 43 предавања на међународним конференцијама и 34 семинара на водећим универзитетима и истраживачким центрима у свету. 1

Уредник је (Associate Editor) за секцију из биоинформатике и рачунске биологије за Frontiers in Genetics, Academic Editor за PLOS-ONE (врхунски међународни часописи), као и рецезент за велики број међународних часописа. Rуководилац je пројекта из биоинформатике Министарства просвете, науке и технолошког образовања (МНПТР), а био је и руковидиоц FP7 Marie Curie IRG из биоинформатике, ко-руководилац (co-pi) SCOPES пројекта Швајцарске националне научне фондације, као и руководилац пројекта из позива Развој високог образовања МНПТР. 2. НАСТАВНО-ПЕДАГОШКА ДЕЛАТНОСТ 2.1 ПРЕГЛЕД УКУПНЕ НАСТАВНЕ АКТИВНОСТИ М. Ђорђевић има деветнаест година наставног искуства, што укључује предавања и вежбе на Биолошком факултету, као и наставу (предавања и вежбе) на три универзитета у САД (Колумбија Универзитету, Државном Универзитету Охаја, Државном Универзитету Арканзаса). Његово учешће у настави у САД обухвата предмете у распону од општих курсева физике на основним студијама, до специјализованих курсева из моделовања и анализе биолошких података на докторским студијама. Учешће на Биолошком факултету обухвата наставу на сва три нивоа студија (основне, мастер и докторске), при чему на основним и мастер студијама држи предавања и вежбе за око 250 студената. На предмету Физика за биологе, на којем М. Ђорђевић држи предавања и вежбе, пролазност студената је повећана са 40% на 70%; предмет je темељно реорганизован и прилагођен студентима биологије, са тежиштем на активном усвајању градива током семестра. На предмету Биоинфоматика, коју на мастер студијама похађа преко 30 студената, М. Ђорђевић је развио и практичне вежбе на рачунарима које су већином засноване на примерима из његовог истраживања. На мастер студијама држи предмет Основе молекуларне биофизике, који прате и напредније рачунске вежбе, а на којима студенти (углавном модула биофизика), добијају важна квантитативна знања (предмет је у 2018/2019 оцењен са 5 на студентским анкетама). По новој акредитацији, а на иницијативу студената, уведене су и Основе биоинформатике на основним студијама, које ће прва генерација узети следеће школске године. Распон оцена из студентских анкета је од 4,4 (физика) до 5,0 (основи молекуларне биофизике). Додатно, у оквиру предмета Основе системске биофизике (по новој акредитацији Основе системске биологије) на основним студијама, М. Ђорђевић је развио вишенедељни блок предавања и вежби из системске молекуларне биологије. На докторским студијама од ове школске године држи биоинформатику и рачунску биологију, где студенти добијају напредна знања из ове области кроз интензиван рад на рачунарима и кроз анализу реалних билошких података, при чему се велик део материјала заснива на истраживању групе М. Ђорђевића. Поред овог предмета, такође држи предавања из неуроинформатике и рачунске имунобиологије. На мултидисциплинарним докторским студијама биофизике при БУ М. Ђорђевић предаје предмет Молекуларна биофизика. који је обавезан на првој години студија. Позван је и да учествује у мастер програмима Напредна анализа података (учешће у настави предмета Aнализа података у биологији и медицини), као на мастер програму биофотоника (на предмету Рачунска биофизика ). Активно је учествовао и у популарним предавањима ван факултета (Коларчева задужбина, Студентска конференција). Био је ментор девет мастер теза и две докторске дисертације. Био је члан комисије за одбрану 3 докторске дисертације и једног магистарског рада. Тренутно је ментор три докторанда, Анђеле Родић (мастер молекуларне биологије), Стефана Граовца (мастер физике), и Огњена Милићевића (дипломирао електротехнику и медицину), при чему је њихово досадашње истраживање довело до више заједничких радова у врхунским међународним часописима. 2

М. Ђорђевић је коаутор два уџбеника: помоћног уџбеника из физике за биологе и збирке задатака за припрему за међународне олимпијаде из физике. а) Основне наставне активности: УЏБЕНИЦИ, СКРИПТА, ПРАКТИКУМИ 2.2 ВРЕДНОВАЊЕ НАСТАВНОГ РАДА Објављен помоћни уџбеник, или практикум, или збирка радатака Пре избора у звање доцента: 1. Грбић Б, Ђорђевић М, Поповић-Божић М и Стошић М, Међународне олимпијаде из физике 1967-1996, Друштво физичара Србије (2000) [ISBN 86-17-08245-3]. После избора у звање доцента а пре избора у звање ванредног професора: 2. Ђорђевић М и Ђорђевић М, Основе физике за биологе: Задаци и питања се решењима, Биолошки факултет, Универзитет у Београду (2014) [ISBN 978-86-7078-112-2]. MEНТОРСТВО/KOMEНТОРСТВО Одбрањена докторска дисертација После избора у звање ванредног професора: 1. Јелена Гузина (2017), Биоинформатичка анализа транскрипционе иницијације код бактеријских ECF σ факторa. Комисија: проф. др Марко Ђорђевић (ментор), др Магдалена Ђорђевић (коментор), проф. др Мирослав Живић, проф. др Гордана Павловић-Лажетић, др Слађана Спасић. 2. Миодраг Стокић (2015), Примена нелиенарних метода у анализи промена ЕЕГ тета ритма при формирању краткорочне аудитивне меморије код људи, Комисија: др Милена Цукић (ментор), проф. др Марко Ђорђевић (ментор), проф. др Павле Анђус, др Љиљана Добријевић. Одбрањен мастер рад Пре избора у звање ванредног професора: 1. Јелена Гузина (2013), Биоинформатичка анализа геномске секвенце бактериофага 7-11. Комисија: доц. др Марко Ђорђевић (ментор), проф. др Павле Анђус, доц. др Мирослав Живић, др Магдалена Ђорђевић. 2. Ђорђе Марковић (2014), Веза између матрице тежине и функционалности места почетака транскрипције 70 промотора код Escherichia coli. Комисија: доц. др Марко Ђорђевић (ментор), доц. др Мирослав Живић, др Магдалена Ђорђевић, др Данијела Батавељић. 3. Марија Башић (2014), Веза између енергије везивања и функционалности места везивања за транскрипционе факторе САР и FNR код Escherichia coli. Комисија: доц. др Марко Ђорђевић (ментор), доц. др Мирослав Живић, др Магдалена Ђорђевић, др Данијела Батавељић. После избора у звање ванредног професора: 1. Анђела Родић (2015), Моделовање in-vivo динамике експресије Esp1396I рестрикциономодификационог система, проф. др Марко Ђорђевић (ментор), проф. др Мирослав Живић, др Магдалена Ђорђевић. 3

2. Никола Драгић (2015), Биоинформатичка анализа геномске секвенце бактериофага 7 11, проф. др Марко Ђорђевић (ментор), проф. др Мирослав Живић, Јелена Гузина. 3. Ивона Томић (2017), Биоинформатичко препознавање почетака транскрипције ECF σ фактора, проф. др Марко Ђорђевић (ментор), проф. др Биљана Божић. 4. Стефан Граовац (2018), Ефекти динамике популације код биофизичког моделовања регулације експресије гена код рестрикционо-модификационих система бактерија, Комисија: проф. др Марко Ђорђевић (ментор), проф. др Милан Кнежевић, проф. др Милош Вучић. 5. Марко Тумбас (2019), Анализа датираних протеин-протеин асоцијација добијених из научне литературе, проф. др Марко Ђорђевић (ментор), проф. др Мирослав Живић. 6. Алекса Ратарац (2019), Рачунарска анализа потенцијалне неканонске функције CRISPR низа без асоцираних Cas протеина код Escherichia coli, проф. др Марко Ђорђевић (ментор), др Бојан Божић (ментор). УЧЕШЋЕ У КОМИСИЈАМА Учешће у комисијама за одбрану докторске дисертације Пре избора у звање ванредног професора: 1. Љиљана Мартаћ (2013), Спектрална анализа електрокортикалне активности мозга пацова у моделу интоксикације алуминијумом. Комисија: проф. др Лидија Раденовић (коментор), др Слађана Спасић (коментор), проф. др Павле Анђус, доц. др Марко Ђорђевић. 2. Гордана Стојадиновић (2013), Спектралне и фракталне карактеристике електричне активности мозга пацова под акутним утицајем етарског уља камфоровог дрвета. Комисија: проф. др Павле Анђус (коментор), др Слађана Спасић (коментор), др Бранка Јанаћ, доц. др Марко Ђорђевић. 3. Срђан Ж. Кесић (2014), Примена Хигучијеве фракталне димензије и методе независних компонената у анализи спонтане биоелектричне активности Br неурона виноградарског пужа под деловањем константног магнетног поља и уабаина, др Слађана Спасић (коментор), проф. др Павле Анђус (коментор), др Бранка Јанаћ, доц. др Марко Ђорђевић. Учешће у комисијама за одбрану магистарске тезе Пре избора у звање ванредног професора: 1. Милош Ђекић, Нелинеарна динамика микротубула. Комисија: др Слободан Здравковић (ментор), проф. др Љиљана Колар-Анић, проф. др Мирко В. Сатарић, доц. др Марко Ђорђевић. (Интердисциплинарне докторске студије: Програм из биофизике, Универзитет у Београду) ДРЖАЊЕ НАСТАВЕ НА КУРСУ Држање наставе на курсу за који је кандидат у потпуности припремио наставни програм Пре избора у звање доцента: A. Предавања: 1. Electricity and Magnetism (2010), Arkansas State University, USA 2. Thermal Physics (2009), Arkansas State University, USA 3. General Physics I (2009), Arkansas State University, USA 4

4. Physics for health science professionals (2008), Arkansas State University, USA. 5. Tutorial on ChIP-chip data analysis (2007), The Ohio State University, USA. 6. VIGRE working group in mathematical biology (2006), The Ohio State University, USA. После избора у звање доцента а пре избора у звање ванредног професора: A. Предавања: 1. Молекуларна биофизика (2012, 2013, 2014), Интердисциплинарне докторске студије: Програм из биофизике, Универзитет у Београду, Србија. 2. Неуроинформатика (2013), Докторске студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 3. Компјутациона имунобиологија (2013), Докторске студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 4. Физика за биологе, (2010-2014), Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 5. Биоинформатика (2012-2014), Мастер студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 6. Рачунари у биологији (2011), Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 7. Системска биофизика (2013, 2014), двонедељни блок предавања и речунских вежби из Системске молекуларне биологије, Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија (није рачунато у бодовању). В. Рачунске вежбе: 8. Физика за биологе, (2010-2014), Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 9. Биоинформатика (2012-2014), Мастер студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 10. Рачунари у биологији (2011), Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. После избора у звање ванредног професора: A. Предавања: 1. Молекуларна биофизика (2015-2018), Интердисциплинарне докторске студије: Програм из биофизике, Универзитет у Београду, Србија. 2. Биоинформатика и рачунска биологија (2018), Докторске студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 3. Неуроинформатика (2016-2018), Докторске студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 4. Компјутациона имунобиологија (2014-2015), Докторске студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 5. Биоинформатика (2015-2018), Мастер студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 6. Основи молекуларне биофизике (2016-2018), Мастер студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 7. Физика за биологе, (2015-2018), Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 5

B. Рачунске вежбе: 8. Физика за биологе, (2015-2018), Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 9. Биоинформатика (2015-2017), Мастер студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. Држање наставе на курсу за који је кандидат допунио наставни програм После избора у звање ванредног професора: A. Предавања: 1. Системска биофизика (2015-2018), двонедељни блок предавања и речунских вежби из Системске молекуларне биологије, Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. B. Рачунске вежбе: 2. Системска биофизика (2015-2016), двонедељни блок предавања и речунских вежби из Системске молекуларне биологије, Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. Држање наставе на курсу са преузетим наставним програмом Пре избора у звање доцента: A. Вежбе: 17. Introduction to experimental physics laboratory (2001), Columbia University, USA. 18. Introduction to physics laboratory (2000, 2001), Columbia University, USA. б) Остале наставне активности (све активности наведене испод се односе на период После избора у звање ванредног професора, осим ако није експлицитно наведено у тексту испод): Координатор домаћих пројеката намењених усавршавању наставног процеса на факултету: Координатор: Program 2005 Високо Образовањe, програмска активност Развој Високог Образовања, "Oпремање рачунарске лабораторије на Универзитету у Београду Биолошком факултету за предмете везане за ИТ сектор", Министарство просвете, науке и технолошког развоја Републике Србије, 2017-2018. СТРУЧНО-ПРОФЕСИОНАЛНИ ДОПРИНОС 1. Председник или члан уређивачког одбора научних часописа или зборника радова у земљи или иностранству: Associate Editor: - Frontiers in Genetics, Section in Bioinformatics and Computational Biology, Frontiers Journals. Academic Editor: - PLOS ONE, PLOS Journals. Editorial Board member: - Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening, Bentham Science. Review Editor: - Frontiers in Molecular Biosciences, Frontiers Journals. 6

2. Рецензент у водећим међународним научним часописима, или рецензент међународних или националних научних пројеката. Рецезент часописа: Biochemistry (American Chemical Society), Bioinformatics (Oxford Journals), BMC Bioinformatics (BioMed Central), BMC Biotechnology (BioMed Central), BioTechniques (Informa Life Sciences), Bulletin of Mathematical Biology (The Society for Mathematical Biology), DNA Research (Oxford Journals), Frontiers in Genetics, Frontiers in Molecular Biosciences (Frontiers Journals), Nucleic Acids Research (Oxford University Press), Pacific Symposium on Biocomputing, Physical Biology (Institute of Physics), PLoS Computational Biology, PLoS ONE, Proceedings of the National Academy of Sciences of USA, Physical Review E, Physical Review Letters (American Physical Society), Journal of Bacteriology (American Society for Microbiology). Рецезент интернационалних пројеката Austrian Science Fund (FWN), Erwin Schroedinger Fellowships ERA-Chemistry Open Initiative, European Commission (trilateral Germany-Austria- Hungary), пре избора у звање ванредног професора. Dmitry Zimin Dynasty Foundation (Russia), пре избора у звање ванредног проф. 3. Председник или члан организационог или научног одбора на научним скуповима националног или међународног нивоа. Члан интернационалног програмског одбора: Belgrade Bioinformatics Conference (BelBI) 2016, Јун 20-24, 2016, Београд, Србија Belgrade Bioinformatics Conference (BelBI) 2016, Јун 18-22, 2018, Београд, Србија Члан локалног организационог одбора: Belgrade Bioinformatics Conference (BelBI) 2016, Јун 20-24, 2016, Београд, Србија Belgrade Bioinformatics Conference (BelBI) 2018, Јун 18-22, 2018, Београд, Србија 4. Председник или члан комисија за израду завршних радова на академским основним, мастер или докторским студијама наведено у секцији Менторство/коментроство изнад. 5. Руководилац или сарадник на домаћим или међународним научним пројектима за допринос настави, наведено на почетку ове секције; за допринос науци, наведено у секцији ''Научно-истраживачки рад''. ДОПРИНОС АКАДЕМСКОЈ И ШИРОЈ ЗАЈЕДНИЦИ 1. Чланство у страним или домаћим академијама наука, или чланство у стручним или научним асоцијацијама у које се члан бира. Потппредседник Српског друштва за биоинформатику и рачунарску биологију (БИРБИ), од 2018. године 2. Председник или члан органа управљања, стручног органа или комисија на факултету или универзитету у земљи или иностранству. Члан програмског савета за Докторске студије из Биофизике, од 2016. године Међународна комисија за избор наставника: Skolkovo Institute of Science and Technology (Skoltech), Moscow, Russia. Члан комисије за биомедицину, позван од Interim Provost Prof. Keith Stevenson, 2015 2017. 7

3. Члан националног савета, стручног, законодавног или другог органа и комисије министарстава. 4. Учешће у наставним активностима ван студијских програма високошколске установе (перманентно образовање, курсеви у организацији професионалних удружења и институција, програми едукације наставника) или у активностима популаризације науке. Учешће у Ноћи истраживача 2017. и 2018. године, као и у више предавања намењених популаризацији науке. 5. Домаће и или међународне награде и признања у развоју образовања и науке. 6. Социјалне вештине (поседовање комуникационих способности, способности за презентацију, способности за тимски рад и вођење тима). Руководилац је групе из биоинформатике и моделовања биолошких система о успешности групе видети резултате секције ''Научно-истраживачки рад''. Предавач је по позиву на великом броју семинара, домаћих и међународних конференција, више детаља је такође изложено у секцији ''Научно-истраживачки рад''. 7. Способност писања пројектне документације и добијања домаћих и међународних научних и стручних пројеката. био је руководилац више домаћих и међународних пројеката; за допринос настави, видите почетак ове секције; за допринос науци, видите секцију ''Научно-истраживачки рад''. САРАДЊА СА ДРУГИМ ВИСОКОШКОЛСКИМ, НАУЧНОИСТРАЖИВАЧКИМ УСТАНОВАМА, ОДНОСНО УСТАНОВАМА КУЛТУРЕ ИЛИ УМЕТНОСТИ У ЗЕМЉИ И ИНОСТРАНСТВУ 1. Постдокторско усавршавања или студијски боравци у иностранству - видети аутобиографију. 2. Руковођење или учешће у међународним научним или стручним пројекатима или студијама Марко Ђорђевић је био руководиоц и учесник на више домаћих и међународних пројеката, и у науци и у настави, а што је наведено у више детаља у тексту овог извештаја. 3. Радно ангажовање у настави или комисијама на другим високошколским или научноистраживачким установама у земљи или иностранству, или звање гостујућег професора, или истраживача за ангажовање у настави и комисијама, у земљи (ДАС на Универзитету у Београду) и иностранстцу (САД), видите изнад. 4. Руковођење или чланство у органу професионалног удружења или организацији националног или међународног нивоа. 5. Учешће у програмима размене наставника и студената. 6. Учешће у изради и спровођењу заједничких студијских програма. Учешће Мултидисциплинарном докторском програму из Биофизике при Универзитету у Београду, као и мастер програмима Напредне анализе података и Оптика и фотоника за биомедицину, који треба да се акредитују при Универзитету у Београду. 7. Предавања по позиву на универзитетима у земљи или иностранству. М. Ђорђевић је одржао 34 предавања на колоквијумима и семинарима на универзитетима и истраживачким центрима, од тога 6 након избора у звање. 8

2.3 СУМАРНИ ПРЕГЛЕД КВАНТИТАТИВНИХ ПОКАЗАТЕЉА НАСТАВНО- ПЕДАГОШКЕ АКТИВНОСТИ Наставне активности пре избора у звање доцента: Ознакa Врста резултата Вредност Број референци вредност M92 Збирка задатака 14 2 2 M121 Држање наставе на курсевима за које је кандидат 6 6 36 у потпуности припремио наставни програм М123 Држање наставе на курсевима са преузетим наставним програмом 2 2 4 Укупно: 54 Наставне активности после избора у звање доцента а пре избора у звање ванредног професора: Врста резултата Вредност Број референци вредност Помоћни уџбеник 14 1 14 Менторство у одбрањеним мастер радовима 4 3 12 Учешће у комисијама за одбрану докторских дисертација 4 3 12 Учешће у комисијама за одбрану магистарске тезе 3 1 3 Држање наставе на курсевима за које је кандидат у потпуности припремио наставни програм 6 9 54 Укупно: 95 Наставне активности после избора у звање ванредног професора: Врста резултата Вредност Број референци вредност Менторство у одбрањеним мастер радовима 4 5.5 22 Менторство у одбрањеним докторским дисертацијама 12 1.5 18 Држање наставе на курсевима за које је кандидат 6 9,33 56 у потпуности припремио наставни програм Држање наставе на курсевима за које је кандидат 4 2 8 Допунио наставни програм Координатор домаћих пројеката намењених усавршавању 4 1 4 наставног процеса на факултету Чланство у организационим одборима међународних cкупова 2 4 8 Чланство у организационим одборима националних cкупова 1 1 1 Укупно: 117 9

РЕКАПИТУЛАЦИЈА: Потребно за звање ванредни професор: 42 реализовано пре избора у звање доцента 54 реализовано после избора у звање доцента a пре избора и звање ванредног професора 95 реализовано после избора избора у звање ванредног професора 117 2.4 РЕЗУЛТАТИ СТУДЕНТСКИХ АНКЕТА Средња оцена М. Ђорђевића на студенстким анкетама у периоду 2015-2019 износи 4,5. Расподела по годинама је: 4,2 у 2014/2015; 4,6 у 2015/2016; 4,5 у 2016/2017; 4,5 у 2017/2018: 4.6 у 2018/2019. 3. НАУЧНО-ИСТРАЖИВАЧКИ РАД 3.1 ПРЕГЛЕД УКУПНИХ НАУЧНИХ РЕЗУЛТАТА М. Ђорђевић је аутор или коаутор 41 оригиналних научних радова (од чега 12 M21а, 24 M21, 3 М22 и један М23), 6 ревијалних радова по позиву (од чега један M21 и три М22) и два поглавља у истакнутој монографији међународног значаја. Од тога је на 34 радова, први или дописни (corresponding) аутор, или главни аутор задужен за моделовање (када су радови резултат сарадње са извођачима експерименталног дела). Први је аутор на два од своја три најцитиранија рада (са бројем цитата по раду већим од 140) и h-index његових публикација је 18 (по Google Schoolar-у). Његови радови су укупно цитирани 1418 пута (по Google Schoolar-у), при чему је цитираност његових радова порасла за ~ 850 од избора у звање ванредни професор. Средњи IF међународних часописа у којима су објављени његови научни радови је 4.6. 36 његових радова су објављена по повратку у Србију, са средњим IF 4.3. Након избора у звање ванредни професор, објавио је а 21 рад (од тога 3 M21а, 13 M21, 3 М22 и један М23) са средњим IF 4.4, што указује на континуалну продуктивност и квалитет његових научних резултата. М. Ђорђевић је одржао 34 предавања на колоквијумима и семинарима на универзитетима и истраживачким центрима. Такође је одржао 43 предавања на конференцијама (од чега 25 пленарних презентација) и био коорганизатор четири међународне конференције (једне у САД и три у Србији). М. Ђорђевић је рецезент за велики број часописа категорије М20, као и пројеката из ERA програма Европске комисије (тријатерала Немачке, Аустрије и Мађарске) и Dmitry Zimin Dynasty фондације (Русија). Уредник је (Associate Editor) за секцију из биоинформатике и рачунске биологије за Frontiers in Genetics, Academic Editor за PLOS-ONE (врхунски међународни часописи), као и рецезент за велики број међународних часописа и интернационалних пројеката. Rуководилац je пројекта из биоинформатике Министарства просвете, науке и технолошког образовања (МНПТР, од 2011. године), а био је и руковидиоц FP7 Marie Curie IRG из биоинформатике (2011-2015), коруководилац (co-pi) SCOPES пројекта Швајцарске националне научне фондације (2013-2017), као и руководилац пројекта из позива Развој високог образовања МНПТР (2018. године). Такође је учесник на једном међународном пројекту EU Horizon2020 ERC-2016-CoG (од 2017. године). Научно интересовање М. Ђорђевића је биофизичко моделовање биолошких система и биоинформатика. У истраживању користи различите теоријске и нумеричке методе, да моделује биолошке процесе. Тако остварено биофизичко разумевање даље користи за развијање нових метода за анализу биолошких података; овакво биофизичко, уместо чисто статистичког, разумевање 10

биолошких процеса најчешће води до значајно унапређених биоинформатичких метода. На Биолошком факултету води групу из рачунске системске биологије (биоинформатике и моделовања биолошких система). Научно интересовање М Ђорђевића је уско везано за његов наставни рад, при чему предаје групу предмета везаних за биоинформатику, биофизику и системску биологију на сва три нивоа студија, као и за његово ангажовање у широј академској заједници (нпр. едитор два М21 и једног М23 часописа). Радио је на низу проблема из молекуларне биологије и биофизике, а текуће истраживање му је усресређено на квантитативно разумевање бактеријских имунских система (CRISPR/Cas и рестрикционо-модификационих система), и регулације експресије гена. Детаљнији приказ научних резултата остварених након избора у звање ванредног професора је изложен у секцији Анализа научних резултата. 3.2 БИБЛИОГРАФИЈА Укупна цитираност научних радова Марка Ђорђевића (по Google scholar-у): 1418 a) Основне научне активности: ПОГЛАВЉА У КЊИГАМА И МОНОГРАФИЈАМА, ПРЕГЛЕДНИ РАДОВИ M13 (поглавље у монографији М11): Пре избора у звање ванредног прпфесора a после избора у звање доцента: 1. Djordjevic M, Inferring protein-dna interaction parameters from SELEX experiments, p. 195-212, in Istvan Ladunga (ed.), Computational Biology of Transcription Factor Binding, Methods in Molecular Biology, Humana press, Springer Science 2010, DOI 10.1007/978-1-60761-854-6. После избора у звање ванредног прпфесора: 2. Rodic A., Blagojevic B., Djodjevic, M. Systems biology of bacterial immune systems: regulation of restriction-modification and CRISPR-Cas systems, p. 37-58, In: Rajewsky N., Jurga S., Barciszewski J. (eds) Systems Biology. RNA Technologies. Springer, Cham, 2018. РАДОВИ МЕЂУНАРОДНОГ ЗНАЧАЈА M21a (рад у врхунском међународном часопису): Пре избора у звање доцента: 3. Bogdanova E, Djordjevic M, Papapanagiotou I, Heyduk T, Kneale G and Severinov K, Transcription regulation of the type II restriction-modification system AhdI, Nucleic Acids Research, 36(5): 1429, 2008. (IF: 7.6; цитираност: 43) 4. Semenova E, Djordjevic M, Shraiman B and Severinov K, The tale of two RNA polymerases: transcription profiling and gene expression strategy of bacteriophage Xp10, Molecular Microbiology 55:764, 2005. (IF: 6.4; цитираност: 32) 5. Djordjevic M, Sengupta A M and Shraiman B, A biophysical approach to transcription factor binding site discovery, Genome Research 13(11):2381, 2003. (IF: 9.9; цитираност: 239) 6. Sengupta AM, Djordjevic M, Shraiman B, Specificity and robustness in transcription control networks, Proc. of the National Academy of Science 99:2072, 2002. (IF:10.9; цитираност: 90) Пре избора у звање ванредног прпфесора a после избора у звање доцента: 7. Zukher I, Novikova M, Tikhonov A, Nesterchuk M, Osterman I, Djordjevic M, Sergiev P, Sharma C, Severinov K, Ribosome-controlled transcription termination is essential for the production of antibiotic microcin C, Nucleic Acids Research 42:11891, 2014. (IF 8.8; цитираност: 10). 11

8. Djordjevic M, Djordjevic M and Blagojevic B, RHIC and LHC jet suppression in non-central collisions, Physics Letters B 737:298, 2014 (IF 6.1; цитираност: 80). 9. Djordjevic M, Djordjevic M, LHC jet suppression of light and heavy flavor observables, Physics Letters B 734:286, 2014 (IF 6.1; цитираност: 76). 10. Djordjevic M, Djordjevic M, Explaining the fine hierarchy in pion and kaon suppression at LHC: Importance of fragmentation functions, J Physics G 41:055104, 2014 (IF 5.3; цитираност:6). 11. Djordjevic M, Djordjevic M, Generalization of radiative jet energy loss to non-zero magnetic mass, Physics Letters B 709:229, 2012 (IF 5.3; цитираност: 46). После избора у звање звање ванредног прoфесора: 12. Musharova O, Vyhovskyi D, Medvedeva S, Guzina J, Zhitnyuk Y, Djordjevic M, Severinov K, Savitskaya E, Avoidance of Trinucleotide Corresponding to Consensus Protospacer Adjacent Motif Controls the Efficiency of Prespacer Selection during Primed Adaptation, mbio 9, e02169, 2018 (IF 7.3; цитираност: 2). 13. Klimuk E, Bogdanova E, Nagornykh M, Rodic A, Djordjevic M, Medvedeva S, Pavlova O, Severinov K, Controller protein of restriction-modification system Kpn2I affects transcription of its gene by acting as a transcription elongation roadblock, Nucleic Acids Research 46,10810, 2018 (IF 11.6; цитираност: 3). 14. Morozova N, Sabantsev A, Bogdanova E, Fedorova Y, Maikova A, Vedyaykin A, Rodic A, Djordjevic M, Khodorkovskii M, Severinov K, Temporal dynamics of methyltransferase and restriction endonuclease accumulation in individual cells after introducing a restriction-modification system, Nucleic Acids Research 44:790, 2016 (IF 10.2; цитираност: 22). M21 (рад у врхунском међународном часопису): Пре избора у звање доцента: 15. Djordjevic M and Bundschuh R, Open complex formation by bacterial RNA polymerase a quantitative model, Biophysical Journal, 94(11): 4233, 2008. (IF: 4.8; цитираност:33) 16. Djordjevic M, SELEX experiments: novel prospects applications and data analysis for inferring regulatory pathways, Biomolecular Engineering 24(2):179, 2007 (ревијални рад по позиву). (IF: 4.2; цитираност: 141) 17. Sevostyanova A, Djordjevic M, Kuznedelov K, Naryshkina T, Gelfand M, Severinov K and Minakhin L, Temporal regulation of viral transcription during development of Thermus thermophilus bacteriophage phiys40, Journal of Molecular Biology 366(2):420, 2007. (IF: 5.5; цитираност: 36) 18. Djordjevic M, Sengupta A M, Quantitative modeling and data analysis of SELEX experiments, Physical Biology 3:13, 2006. (IF: 2.8; цитираност: 43) 19. Djordjevic M, Semenova E, Shraiman B and Severinov K, Quantitative analysis of transcription strategy by a virulent bacteriophage, Virology, 354(2):240, 2006. (IF: 3.5; цитираност: 15) 20. Mendas I, Djordjevic M and Markovic M, Properties of the nonclassical maximum-entropy states, Journal of Physics A: Mathematical and General 33:921, 2000. (IF: 1.5) Пре избора у звање ванредног прпфесора a после избора у звање доцента: 21. Djordjevic M аnd Djordjevic M, Heavy flavor puzzle from data measured at the BNL Relativistic Heavy Ion Collider: Analysis of the underlying effects, Physical Review C 90:034910, 2014 (IF 3.9; цитираност: 25). 12

22. Djordjevic M, Djordjevic M, Severinov K, CRISPR transcript processing: a mechanism for generating a large number of small interfering RNAs, Biology Direct 7(1): 24, 2012 (IF 4.0; цитираност: 23). 23. Djordjevic M, Djordjevic M, A simple biosynthetic pathway for large product generation from small substrate amounts, Physical Biology 9(5): 056004, 2012 (IF 3.1; цитираност: 3). 24. Pavlova O, Lavysh D, Klimik E, Djordjevic M, Ravcheev DA, Gelfand MS, Severinov K, Akulenko N, Temporal regulation of gene expression of the Escherichia coli bacteriophage phieco32, Journal of Molecular Biology, 416(3): 389, 2012 (IF 4.1; цитираност: 22). 25. Djordjevic M, Redefining Escherichia coli σ70 promoter elements: -15 motif as a complement of the -10 motif, Journal of Bacteriology, 193(22): 6305, 2011 (IF 4.0; цитираност: 45). 26. Pougach K, Semenova E, Bogdanova E, Datsenko KA, Djordjevic M, Wanner BL, and Severinov K, Transcription, transcripts processing and function of E. coli CRISPR locus, Molecular Microbiology, 77(6): 1367, 2010 (IF 5.6; цитираност: 209). После избора у звање звање ванредног прoфесора: 27. Bozic B, Repac J, Djordjevic M, Endogenous Gene Regulation as a Predicted Main Function of Type I-E CRISPR/Cas System in E. coli, Molecules 24, E784, 2019 (IF 3.4; цитираност: 1). 28. Graovac S, Rodic A, Djordjevic M, Severinov K, Djordjevic M, Effects of Population Dynamics on Establishment of a Restriction-Modification System in a Bacterial Host, Molecules 24, E198, 2019 (IF 3.4). 29. Zigic D, Salom I, Auvinen J, Djordjevic M, Djordjevic M, DREENA-B framework: first predictions of R AA and v 2 within dynamical energy loss formalism in evolving QCD medium, Physics Letters B 791, 236, 2019 (IF 4.8; цитираност: 7). 30. Djordjevic M, Zigic D, Djordjevic M, Auvinen J, How to test path-length dependence in energy loss mechanisms: analysis leading to a new observable, Physical Review C 99, 061902(R), 2019 (IF 3.8; цитираност: 3). 31. Blagojevic B, Djordjevic M, Djordjevic M, Calculating hard probe radiative energy loss beyond the soft-gluon approximation: Examining the approximation validity, Physical Rev C 99, 024901, 2019 (IF 3.8; цитираност: 6). 32. Zigic D, Salom I, Auvinen J, Djordjevic M, Djordjevic M, Joint R AA and v 2 predictions for Pb+Pb collisions at the LHC within DREENA-C framework, Journal of Physics G 46, 085101, 2019 (IF 3.5). 33. Guzina J, Chen WH, Stankovic T, Djordjevic M, Zdobnov E, Djordjevic M, In silico Analysis Suggests Common Appearance of scarnas in Type II Systems and Their Association With Bacterial Virulence, Frontiers in Genetics 9,474, 2018 (IF 4.2; цитираност: 1). 34. Djordjevic M, Djordjevic M and Zdobnov E, Scoring Targets of Transcription in Bacteria Rather than Focusing on Individual Binding Sites, Frontiers in Microbiology 8, 2314, 2017 (IF 4.8; цитираност: 2). 35. Rodic A, Blagojevic B, Severinov K, Djordjevic M and Djordjevic M, Features of CRISPR-Cas Regulation Key to Highly Efficient and Temporally-Specific crrna Production, Frontiers in Microbiology 8, 2139, 2017 (IF 4.8; цитираност: 4). 36. Rodic A, Blagojevic B, Zdobnov E, Djordjevic M and Djordjevic M, Understanding key features of bacterial restriction-modification systems through quantitative modeling, BMC Systems Biology, 11, 377, 2017 (IF 2.9; цитираност: 8). 37. Guzina J and Djordjevic M, Mix-and-matching as a promoter recognition mechanism by ECF σ factors, BMC Evolutionary Biology 17, 12, 2017 (IF 3.6; цитираност: 8). 13

38. Guzina J, Djordjevic M, Inferring bacteriophage infection strategies from genome sequence: analysis of bacteriophage 7-11 and related phages, BMC Evolutionary Biology 15:S1, 2015 (IF 3.8; цитираност: 13). 39. Djordjevic M аnd Djordjevic M, Predictions of heavy-flavor suppression at 5.1 TeV Pb+Pb collisions at the CERN Large Hadron Collider, Physical Review C 92:024918, 2015 (IF 3.9; цитираност: 57). M22 (рад у водећем међународном часопису): Пре избора у звање ванредног прпфесора a после избора у звање доцента: 40. Djordjevic M, Efficient transcription initiation in bacteria: an interplay of protein-dna interaction parameters, Integrative Biology 5(5):796, 2013 (IF 4.5; цитираност: 2). 41. Djordjevic M, Modeling bacterial immune systems: strategies for expression of toxic - but useful - molecules, Biosystems 112(2):139, 2013 (IF 1.8; цитираност: 1) (ревијални рад по позиву). 42. Djordjevic M аnd Djordjevic M, Understanding the strong suppression patterns at RHIC and LHC, Modern Physics Letters A 29: 1430035, 2014 (IF 1.3) (ревијални рад по позиву). После избора у звање ванредног професора: 47. Djordjevic M, Rodic A, Graovac S, From biophysics to 'omics and systems biology, European Biophys Journal. 48, 413, 2019 (IF 2.5; цитираност: 1). (ревијални рад по позиву). 43. Djordjevic M, Zigic D, Blagojevic B, Auvinen J, Salom I, Djordjevic M, Dynamical energy loss formalism: from describing suppression patterns to implications for future experiments, Nuclear Physics A 982, 699, 2019 (IF 2.0). 44. Guzina J, Djordjevic M, Promoter recognition by ECF σ factors: analyzing DNA and protein interaction motifs, Journal of Bacteriology 198:1927, 2016 (IF 3.2; цитираност: 12). M23 (рад y часопису међународног значаја): После избора у звање звање ванредног прoфесора: 45. Nikolic M, Stankovic T, Djordjevic M, Contribution of bacterial promoter elements to transcription start site detection accuracy, Journal of Bioinformatics and Computational Biology 15: 1650038, 2017 (IF 1.0; цитираност: 3). M23a (рад у часопису међународног значаја без импакт фактора): Пре избора у звање доцента: 48. Mendas I, Djordjevic M, Boson Bogoliubov group and generalized squeezed states, Facta Universitatis 1:173, 1999. После избора у звање доцента а пре избора у звање ванредног професора: 49. Djordjevic M, Integrating sequence analysis with biophysical modeling for accurate transcription start site prediction., Journal of Integrative Bioinformatics 11(2):240, 2014 (ревијални рад по позиву). После избора у звање ванредног професора: 49. Guzina J, Djordjevic M, Bioinformatics as a first-line approach for understanding bacteriophage transcription, Bacteriophage 5:e1062588, 2015 (ревијални рад по позиву). 14

РАДОВИ ОБЈАВЉЕНИ У ИЗВОДИМА M30 (пленарна предавања на скуповима међународног значаја штампана у целини): После избора у звање доцента а пре избора у звање ванредног професора: 1. Towards Accurate Transcription Start Site Prediction: a modelling approach, German Conference on Bioinformatics (GCB2014), Bielefeld, Germany, Sept 2014, штампано у GI Lecture Notes Informatics, Gesellschaft für Informatik, Bonn 2014, ISBN 978-388579-629-9. 2. Transcription start site identification in bacteria: a modeling approach, Theoretical Approaches to BioInformation Systems - TABIS 2013, Belgrade, Serbia, Sept 2013, штампао Институт за физику у Београду. 3. CRISPR transcript processing: an unusual mechanism for rapid production of desired molecules, IPCAT 2012-9th International Conference on Information Processing in Cells and Tissues, Trinity College, Cambridge, UK, Apr 2012, штампано у Lecture Notes in Computer Science, Springer 2012, ISBN 978-3-642-28791-6. M32 (пленарна предавања на скуповима међународног значаја штампана у изводу): Пре избора у звање доцента: 4. A Genome-wide Analysis of Poised Promoters in Bacteria, 7 th Annual Rocky Mountains Bioinformatics Conference, Snowmass Village, Colorado, Dec 2009. 5. Biophysical modeling of transcription initiation in bacteria, 8 th International conf. on Information Processing in Cells and Tissues (IPCAT 2009), Franscini Ascona, Switzerland, Apr 2009. 6. Quantitative modeling of transcription initiation in bacteria, BioSysBio Conference 2009, Cambridge, UK, Mar 2009. 7. Using biophysics to investigate engineering principles behind transcription initiation, Engineering principles in Biological Systems, Cold Spring Harbor, NY, Dec 2008. 8. Using in vitro selection to infer transcription regulatory networks, Evolution of Molecular Networks, KITP, Santa Barbara, California, Feb 2007. 9. Computational search for transcription factor binding sites, 9 th Annual Conference on Computational Genomics, Baltimore, Maryland, Oct 2006. После избора у звање доцента а пре избора у звање ванредног професора: 10. Integrating Sequence Analysis with Biophysical Modelling for Accurate Transcription Start Site Prediction, 10 th International Symposium on Integrative Bioinformatics (IB2014), Newcastle, UK, May 2014. 11. Predictions of bacterial transcription start sites - a biophysical approach, RBC 2012 - The 5th Regional biophysics conference, Kladovo, Serbia, Sept 2012. 12. Transcription Start Site Prediction in Bacteria, DMBI 2012 - International Meeting on Data Mining in Bioinformatics, Belgrade, Serbia, Jun 2012. После избора у звање ванредног професора: 13. Analysis of CRISPR/Cas non-canonical functions, International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB19), Moscow, Russia, Jul 2019. 14. Integrating computational systems biology and bioinformatics in research and education, Neuronet Initiative Project, International experience in education programs, Novosibirsk, Russia, Aug 2018. 15. A Kolmogorov-Smirnov based approach for predicting targets of transcription, WIBSB 2018, First Sino-Russian Workshop on Integrative Bioinformatics and Systems Biology, Novosibirsk, Russia, Aug 2018. 15

16. Biophysical modeling of bacterial immune systems: analyzing regulation of CRISPR-Cas and restriction-modification systems, RBC2018, Zrece, Slovenia, May 2018. 17. Understanding key features of CRISPR/Cas system induction through modeling, MCCMB17, Moscow, Russia, Julу 2017. 18. CRISPR/Cas: from bacterial immune system to new biotechnology applications, JRC-ICGEB joint workshop genome editing and related technologies, Trieste, Italy, Nov 2016. 19. From biophysical modeling to bioinformatics, Belgrade International Molecular Life Science Conference for Students, Belgrade, Serbia, Jan 2015. M34 (рад саопштен на скупу међународног значаја штампан у изводу): Пре избора у звање доцента: Предавања: 20. Biophysical modeling of transcription initiation, 2008 APS March Meeting, New Orleans, Louisiana, Mar 2008. 21. The open complex formation by bacterial RNA polymerase, poster spotlight at Q-bio Conference on Cellular Information Processing, Santa Fe, Aug 2007. 22. Quantitative modeling and data analysis of SELEX experiments, 2006 APS March Meeting, Baltimore, Maryland, Mar 2006. 23. Quantitative modeling and analysis of data for SELEX experiments, 91st Statistical Mechanics Conference, Piscataway, New Jersey, May 2004. 24. Biophysical approach to identification of transcription factor binding sites, 5th General Conference of the Balkan Physical Union, Vrnjacka Banja, Serbia, Aug 2003. 25. A biophysical approach to transcription factor binding site discovery, 88th Statistical Mechanics Conference, Piscataway, New Jersey, Dec 2002. Постер презентације: 26. Modeling transcription initiation in bacteria, ICSB 2007: The eight international conference on systems biology, Long Beach, California, Oct 2007. 27. The Open Complex Formation by Bacterial RNA Polymerase, Q-bio Conference on Cellular Information Processing, Santa Fe, Aug 2007. 28. Quantitative Modeling of a Restriction-modification Gene Switch in Bacteria, Q-bio Conference on Cellular Information Processing, Santa Fe, Aug 2007 29. Binding energy vs. biological function, Systems Biology: Global Regulation of Gene Expression, Cold Spring Harbor Laboratory, New York, Mar 2007. 30. Quantitative analysis of virulent bacteriophage transcription strategies, 9 th Annual Conference on Computational Genomics, Baltimore, Maryland, Oct2006. 31. Computational Analysis of Transcription Regulation: Some Principal Limits and a Novel Method, Regulation of Eukaryotic Transcription: from Chromatin to mrna, Taos, New Mexico, Apr 2006. 32. A principal Limit in Search for Transcription Factor Binding Sites, Systems Biology: Global Regulation of Gene Expression, Cold Spring Harbor Laboratory, New York, Mar 2006. 33. SELEX experiments: Modeling and Data Analysis, The 22nd Jerusalem Winter School in Theoretical Physics, Biological Networks and Evolution, Jerusalem, Israel, Jan 2005. 34. Search for transcription factor binding sites - biophysics approach, XVI National Symposium on Condensed Matter Physics - SFKM, Sokobanja, Serbia, Sept 2004. 35. Optimal design of SELEX experiments, Systems Biology: Genomic Approaches to Transcriptional Regulation, Cold Spring Harbor Laboratory, New York, Mar 2004. 16

После избора у звање доцента а пре избора у звање ванредног професора: Предавања: 36. Modeling bacterial immune systems: CRISPR/CAS regulation, The 9 th international Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2014), Novosibirsk, Russia, June 2014. 37. A biophysical approach to bacterial transcription start site prediction, The 9 th international Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB- 2014), Novosibirsk, Russia, June 2014. 38. CRISPR transcript processing: an unusual mechanism for rapid production of small RNAs, ICSB 2012 - The 13 th International Conference on Systems Biology, Toronto, CA, Aug 2012. После избора у звање банредног професора: Предавања: 39. Assessing CRISPR-Cas design principles by biophysical modeling, 14th International Conference on Fundamental and Applied Aspects of Physical Chemistry (Physical Chemistry 2018), Belgrade, Serbia, Sept 2018 (given by PhD student Andjela Rodic). 40. Including population dynamics effects in modeling regulation of bacterial restriction modification systems, Physical Chemistry 2018, Belgrade, Serbia, Sept 2018 (by PhD student Stefan Graovac). 41. CRISPR-Cas regulation: a systems biology approach, BGRS/SB2018, 11 th International Multiconference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology Novosibirisk, Russia, Aug 2018. 42. A Kolmogorov-Smirnov based approach for predicting bacterial transcription targets, BelBI2018 - Belgrade Bioinformatics Conference, Belgrade, Serbia, Jun 2018. 43. Transcription initiation by alternative σ factors: revising the rigidness paradigm, 10th International Multiconference: BGRS/SB2016, Novosibirisk, Russia, Sept 2016 (by PhD student Jelena Guzina). 44. Modeling CRISPR/Cas system induction: the significance of cooperative transcription regulation, BGRS/SB2016, Novosibirsk, Russia, Sept 2016 (given by PhD student Andjela Rodic). 45. Transcription initiation by alternative σ factors, BELBI2016 - Belgrade Bioinformatics Conference, Belgrade, Serbia, June 2016 (given by PhD student Jelena Guzina). 46. Examining regulation of restriction-modification systems by quantitative modeling, BELBI2016 - Belgrade, Serbia, June 2016 (given by PhD student Andjela Rodic). 47. Achieving a rapid expression of toxic (but useful) molecules within cell, BELBI2016 - Belgrade, Serbia, June 2016 (given by PhD student Bojana Blagojevic). 48. Inferring bacteriophage infection strategies from genome sequence: analysis of acteriophage 7-11 and related phages, Bacteriophages 2015, London, UK, Jan 2016 (by PhD student Jelena Guzina). M61 (пленарна предавања на скуповима националног значаја штампана у целини): После избора у звање ванредног професора: 49. Modelling Expression Dynamics of Bacterial Immune Systems, First Congress of Molecular Biologists of Serbia (CoMBoS2017), Belgrade, Serbia, Sept 2017. M62 (пленарна предавања на скуповима националног значаја штампана у изводу): Пре избора у звање доцента: 50. Theoretical modeling of transcription initiation by bacterial RNA polymerase, Partners Meeting, OSU MBI, Columbus, Ohio, Nov 2007. 51. Computational analysis of gene regulation, Partners Meeting, OSU, Columbus, Ohio, Nov 2006. 17

52. Biophysics and bioinformatics of transcription, Partners Meeting, OSU, Columbus, OH, Nov 2005. После избора у звање банредног професора: 53. Biophysics and Bioinformatics of CRISPR/Cas and restriction-modification systems in bacteria, Second Congress of Biologists in Serbia, Kladovo, Serbia, Sept 2018. 54. CRISPR/Cas and restriction-modification systems: from bacterial immune systems to biotechnology applications, CRISPR Biotechnology Workshop, Belgrade City Library, Dec 2016 (given by PhD students Andjela Rodic and Tamara Stankovic). б) Остале научне активности: Пре избора у звање доцента: A. Рецензије публикација категорије M20. - Рецезент за часописе: Bioinformatics (Oxford Journals), BMC Bioinformatics (BioMed Central), BMC Biotechnology (BioMed Central), BioTechniques (Informa Life Sciences), Bulletin of Mathematical Biology (The Society for Mathematical Biology), Nucleic Acids Research (Oxford University Press), Pacific Symposium on Biocomputing, Physical Biology (Institute of Physics), PLoS Computational Biology, Proceedings of the National Academy of Sciences of USA. B. Учешће у међународним школама (није бодовано). Evolution of Molecular Networks, Kavli Institute for Theoretical Physics, Santa Barbara, California, Jan 2007. Networks in Growth, Death and Aging, Kavli Institute for Theoretical Physics, Santa Barbara, California, Feb 2005. The 22nd Jerusalem Winter School in Theoretical Physics, Biological Networks and Evolution, Jerusalem, Israel, Jan 2005. Bio-Molecular Networks, Kavli Institute for Theoretical Physics, Santa Barbara, California, January Mar 2003. Project Lab in Molecular Genetics, Columbia University, New York, 2002. После избора у звање доцента а пре избора у звање ванредног професора: A. Руковођење међународним пројектима: 1) Swiss National Science Foundation (SCOPES project), IZ73Z0_152297, Bioinformatics and modeling of bacterial immune systems - understanding control of CRISPR/Cas, 2014-2017, CHF 75000. 2) FP7 Marie Curie International Reintegration grant, PIRG08-GA-2010-276996, "Bioinformatic analysis of transcription regulation: a modeling approach", European Commission - Research Executive Agency, 2011-2014, EUR 100.000 B. Руковођење националним пројектом: 1) OI173052, "Биоинформатичко предвиђање промотора и моделовање генских кола код бактерија", Министарство просвете, науке и технолошког развоја Републике Србије. A. Чланство у уредништву међународних часописа: 1) Frontiers in Bioinformatics and Computational Biology, Frontiers Journals. B. Рецензије публикација категорије M20 (позивна писма за рецензије су у прилогу). - Bioinformatics (Oxford Journals) - 3 рецензијe - DNA Research (Oxford Journals) - 1 рецензија 18

- BMC Genomics (BioMed Central) - 1 рецензија - Bulletin of Mathematical Biology (The Society for Mathematical Biology) - 1 рецензија - Nucleic Acids Research (Oxford University Press) - 2 рецензије - Physical Review E (American Physical Society) - 2 рецензије - Journal of Bacteriology (American Society for Microbiology) - 1 рецензија - SIAM Journal on Applied Dynamical Systems - 1 рецензија C. Рецензије предлога пројеката (нису бодоване): - ERA-Chemistry network, у оквиру ERA-NET пројекта Европске Комисије (триатерала Немачке, Мађарске и Аустрије). - Dmitry Zimin Dynasty Foundation: грантови за младе научнике у Русији. После избора у звање ванредног професора: A. Руковођење међународним пројектима: 1) Swiss National Science Foundation (SCOPES project), IZ73Z0_152297, Bioinformatics and modeling of bacterial immune systems - understanding control of CRISPR/Cas, 2014-2017, CHF 75000. 2) FP7 Marie Curie International Reintegration grant, PIRG08-GA-2010-276996, "Bioinformatic analysis of transcription regulation: a modeling approach", European Commission - Research Executive Agency, 2011-2015, EUR 100.000 B. Руковођење националним пројектом: 1) OI173052, "Биоинформатичко предвиђање промотора и моделовање генских кола код бактерија", Министарство просвете, науке и технолошког развоја Републике Србије, 2011-2019. C. Учешће у међународном пројекту: 1) Horizon2020 European Research Council (ERC) 2016 Consolidator Grant, ERC-2016- COG:725741, A novel Quark-Gluon Plasma tomography tool: from jet quenching to exploring the extreme medium properties, from 2017-2022, EUR 1.356.000 D. Чланство у уредништву међународних часописа: Associate Editor: - Frontiers in Genetics, Section in Bioinformatics and Computational Biology. Academic Editor: - PLOS ONE, PLOS Journals. Editorial Board member: - Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening, Bentham Science. E. Рецензије публикација категорије M20 (позивна писма за рецензије су у прилогу). - Bioinformatics (Oxford Journals) - 1 рецензија - Frontiers in Genetics (Frontiers Journals) - 2 рецензијe - Frontiers in Molecular Biiosciences (Frontiers Journals) - 2 рецензијe - Nucleic Acids Research (Oxford University Press) - 3 рецензије - Physical Review E (American Physical Society) - 1 рецензијa - Journal of Bioinformatics and Computational Biology - 1 рецензија - Journal of Molecular Biology (Elsevier) - 1 рецензија - PLOS Computational Biology (PLOS Journals) - 2 рецензије - PLOS One (PLOS Journals) - 1 рецензија F. Рецензије предлога пројеката (нису бодоване): - Austrian Science Fund (FWN), Erwin Schroedinger Fellowships 19

3.3 СУМАРНИ ПРЕГЛЕД КВАНТИТАТИВНИХ ПОКАЗАТЕЉА НАУЧНЕ УСПЕШНОСТИ Основне научне активности пре избора у звање доцента: Ознака Врста резултата Вредност Број референци вредност M21 Рад у врхунском међународном часопису 8 10 80 M23a Рад у часопису међународног значаја без импакт фактора 2 1 2 M32 Пленарна предавања на скуповима 1,5 6 9 међународног значаја штампана у изводу M34 Рад саопштен на скупу међународног 0,5 16 8 значаја штампан у изводу M62 Пленарна предавања на скуповима националног значаја штампана у изводу 1 3 3 Укупно: 102 Основне научне активности после избора у звање доцента a пре избора у звање ванредног професора: Ознака Врста резултата Вредност Број референци вредност M13 Поглавља у монографији M11 5 1 6 M21 Рад у врхунском међународном часопису 8 9 72 M22 Рад у водећем међународном часопису 5 2 10 M23a Рад у часопису међународног значаја без 2 1 2 импакт фактора M30 Пленарна предавања на скуповима 3 3 9 међународног значаја штампана у целини M32 Пленарна предавања на скуповима 1,5 3 4.5 међународног значаја штампана у изводу M34 Рад саопштен на скупу међународног значаја штампан у изводу 0,5 3 1.5 Укупно: 105 Основне научне активности после избора у звање ванредног професора: Ознака Врста резултата Вредност Број референци вредност M13 Поглавља у монографији M11 7 1 7 M21а Рад у врхунском међународном часопису 10 3 30 M21 Рад у врхунском међународном часопису 8 13 104 M22 Рад у водећем међународном часопису 5 3 15 20

M23 Рад у часопису међународног значаја 3 1 3 M23a Рад у часопису међународног значаја без 1 1 1 импакт фактора M32 Пленарна предавања на скуповима 1,5 7 10.5 међународног значаја штампана у изводу M34 Рад саопштен на скупу међународног 0,5 10 5 значаја штампан у изводу M61 Пленарна предавања на скуповима 1,5 1 1.5 националног значаја штампана у целини M62 Пленарна предавања на скуповима националног значаја штампана у изводу 1 2 2 Укупно: 179 Остале научне активности пре избора у звање доцента: Врста резултата Вредност Број референци вредност Рецензије публикација категорије M20 1 Више од 20 >15 Остале научне активности после избора у звање доцента а пре избора у звање ванредни професор: Врста резултата Вредност Број референци вредност Руковођење међународним пројектима 6 2 12 Руковођење националним пројектима 3 1 3 Чланство у уредништву међународних часописа 3 1 3 Рецензије публикација категорије M20 1 12 12 Укупно: 30 Остале научне активности после избора у звање ванредни професор: Врста резултата Вредност Број референци вредност Руковођење европским оквирним програмима 10 1 10 Учешће у европском оквирном програму 4 1 4 Руковођење осталим међународним пројектима 6 1 6 Руковођење националним пројектима 4 1 4 Чланство у уредништву међународних часописа 3 3 9 Рецензије публикација категорије M20 1.5 14 21 Цитираност без аутоцитата 0.1 706 70.6 Укупно: 124.6 21

РЕКАПИТУЛАЦИЈА: Укупно реализовано пре избора у звање доцента > 115 реализовано после избора у звање доцента а пре избора у звање ванредни професор 135 Реализовано укупно од избора у звање доцента реализовано од избора у звање ванредни професор 303.6 категорије M10 + M20 + M30 + M40 + M50 + остале научне активности 175.5+124.6 = 300.1 М11, М12, М21а, М21, М22, М23, М31, руковођења пројектима 172 категорије M21, M22 и M23 152 категорије М52, М61, М63, М66а, М32, М34, М62, М64 19 РЕКАПИТУЛАЦИЈА: Потребно за звање ванредног професора у складу са Правилником за стицање наставничких звања на Биолошком факултету Универзитета у Београду: укупно 48 бодова, кандидат има 303.6 бодова. из категорија M10 + M20 + M30 + M40 + M50 + остале научне активности потребно је најмање 40, кандидат има 300.1 бодова. из категорија М11, М12, М21а, М21, М22, М23, М31, руковођења европским оквирним пројектима (ФП), међународним пројектима, националним пројектима Министарства просвете, науке и технолошког развоја, најмање 28 бодова, кандидат има 172 бода. из категорија M52, M61, M63, M66a, M32, M34, M62, M64 потребно је најмање 3 бода, кандидат има 19 бодова. неопходно је да кандидат има најмање три публикована рада из М21а, М21, М22 или М23, кандидат има 20 радова. неопходно је да кандидат има најмање два публикована рада из М21a, M21 или М22, кандидат има 19 радова. неопходно је да кандидат за ванредног професора учествује на барем три научна или стручна скупа (категорије М31-М34 и М61-М64), кандиат је учествовао на 14. 3.4 ЦИТИРАНОСТ НАУЧНИХ РАДОВА Укупна цитираност научних радова је 1418 (по Google Scholar-y), што је за 836 више од избора у звање ванредни професор. Због великог броја цитата, овде не наводимо појединачне цитате, а пошто су директно расположиви ако се у Google Scholar претраживачу укуца Марко Ђорђевић. Приметите да је, уз сваки рад наведен у Библиографији (стране 6 и 7), наведена и цитираност датог рада, као и импакт фактор часописа у коме је рад објављен. По WoS-у, цитираност његових радова без аутоцитата је 706 (документ у прилогу), што одговара 70.6 бодова у Сумарном прегледу наведеном изнад. 22

3.5 АНАЛИЗА НАУЧНИХ РЕЗУЛТАТА ОД ИЗБОРА У ЗВАЊЕ ВАНРЕДНОГ ПРОФЕСОРА Од избора у звање ванредног професора, М. Ђорђевић је аутор или коаутор 21 научном раду (од тога 3 M21а, 13 M21, 3 М22 и један М23) са средњим IF 4.4, и једног поглавља у истакнутој монографији међународног значаја; од тога је први или кореспондентни аутор на 12 публикација. Своје истраживање је презентовао и као 17 предавања на водећим међународним конференцијама (од чега 7 пленарних презентација). Радови М. Ђорђевића од избора у звање ванредног професора имају три основна правца: 1) Развој биоинформатичких метода за предвиђање регулаторних елемената (укључујући места везивања алтернативних фактора), који су засновани на биофизичком разумевању протеин- ДНК интеракција и инцијације транскрипције код бактерија. 2) Анализа динамике генских мрежа на примеру регулације рестрикционо-модификационих система бактерија 3) Рачунарска анализа CRISPR/Cas система бактерија (напредни имунски системи бактерија), конкретно анализа неканоских функција ових система, као и њихове динамике регулације. 4) Примена нумеричких метода на разумевање кварк-глуон плазме. Научни резултати М. Ђорђевића постигнути у ове четири области су детаљније изложени испод, при чему је прво кратко дат општи опис приступа проблему, а затим је дата анализа резултата у оквиру појединачних радова (приметите да бројеви наведени доле одговарају редном броју рада у библиографији). 1) Биоинформатички методи за предвиђање регулаторних елемената Предвиђање регулаторних елемената бактерија (места везивања транскрипционих фактора и σ фактора) је класичан проблем у биоинформатици, при чему расположиве методе показују слабу тачност - конкретно у предвиђањима се јавља веома висок број лажних позитива. При овоме је овај проблем посебно изражен за алтернативне σ факторе, због велике хетерогености фактора који припадају овој групи. Зато je M. Ђорђевић своју претходну квантитативну анализу промотора које препознаје фактор σ 70 (тзв. housekeeping промотора), приширили на промоторе које препознају алтернативни σ фактори. При овоме смо се концентрисали на σ факторе Групе 4 (ECF), која је највећа и најразноврснија група алтернативних σ фактора - ова група је такође вероватно од великог значаја за експресију CRISPR/Cas, коју може да покрене оштећење ћелијског омотача, које је директно повезано са ECF сигма факторима. Такође, група М Ђорђевића (у сарадњи са Е. Zdobnovим са Швајцарског института за биоинформатику) је развила нов концепт предвиђања мета транскрипционих рагулатора, заснован на Колмогоров-Смирнов процедури. Метод се а на проналажењу узводних геномиских региона код којих дистрибуција енергија везивања значајно одступа од случајне дистрибуције. i) На примеру предвиђања почетака транскрипције за RpoD E. coli, у раду [45] су адресована следећа питања: i) колика је важност различитих промотерских елемената у одређивању специфицитета промотера, и како ови елементи доприносе тачности биоинформатичке претраге, ii) до које мере је важно прецизно поравнање промотерских елемената, и како различити приступи формирању матрица тежине утичу на тачност претраге, iii) како специфицитет секвенци промотора треба да буде укључен у препознавање почетака транскрипције, да би се остварила оптимална тачност претраге. Нађено је да -35 елемент, који се сматра заменљивим у структури промотoра, заправо доприноси подједнако тачности претраге као и увек присутни -10 елемент. Секвенце узводно од канонског -10 елемента, које се обично не узимају у обзир у претрагама почетака транскрипције, значајно доприносе тачности претраге, упркос њиховој 23

релативно слабој конзервацији. Изненађујуће, секвенца између -35 и -10 промотерских елемената значајно смањује тачност претраге, упркос претходном запажању да можда садржи корисну информацију. Као последица, утврђено је значајно побољшање тачности претраге у којој је оптимално укључен специфицитет промотора, у односу на стандардно коришћену претрагу (смањење броја лажних позитива од ~50%). ii) У [44] и [37] су истраживани механизми препознавања промотора од стране ECF σ фактора: Наиме, претходна парадигма о функционисању ових σ фактора, која је у великој мери заснована на ограниченом броју сличних података, је указивала да они препознају промоторе ригидне структуре, код којих се енергије интеракције различитих елемената међусобно не надопуњују, насупрот mix-and-match кинетичком механизму, који је доказан за Групу I фактора из σ 70 фамилије (који транскрибују housekeeping гене). На примеру бактериофагних ECF σ фактора, који представљају маргиналне чланове наведене субфамилије, квалитативно је показана веома значајна комплементација промоторских елемената. Такође, за добро проучене, канонске ECF представнике - σ Е и σ W, квантитативно је доказан јак mix-and-match промоторских елемената. iii) Директне мете транскрипционих регулатора се стандарндно предвиђају претрагом индивидуалних мотива са високим скоровима матрица тежина у узводним геномиским регионима, што обично води ка великом броју лажних позитива. Насупрот овом уобичајаном приступу, у раду [34] је развијен нов концепт који се заснива на проналажењу узводних геномиских региона код којих дистрибуција скорова матрица тежине значајно одступа од случајне дистрибуције, насупрот предвиђању индивидуалних мотива. Испитане су три имплементације овог концепта, засноване на Колмогоров-Смирнов (KС) и Андерсон-Дарлинг (AД) тестовима, као и на хибриду између ова два метода, а који омогућавају робусно предвиђање статистичког значаја за предвиђене мете. Метод је примењен на плеитропне транскрипционе регулаторе код бактерија, укључујући и препознавање мета σ 70 фактора, што је класични биоинформатички проблем, који одликује низак специфицитет. Показано је да је метод заснован на КС процедури и бржи и тачнији у односу на АД метод (као и да нема значајније мању тачност у односу на хибридни метод), што одступа од уобичајене парадигме по којој је АД тест спорији али тачнији у односу на КС тест. Надаље, KС метод води ка значајном повећању тачности претраге у односу на стандардни приступ, док у исто време робустно придружује P вредности кроз добро установљену статистичку процедуру. Развијени метод робустно придружује P вредности узводним регионима са фиксним дужинама, и представља брз и тачан приступ предвиђању мета бактеријских транскрипционих фактора. iv) У [37] је развијен метод за препознавање промотора транскрибованих од стране фактора који кодира бактериофаг. Метод се заснива на поравнању интергенских региона у паровима, и првобитно је развијен на недавно секвенцованом бактериофагу 7-11, а затим тестиран на другим бактериофагима који су експериментално детаљно проучени. У раду је показано да предвиђања промотора зависних од фактора који кодира бактериофаг, заједно са стандардном биоинформатичком анализом генома, омогућавају предвиђање регулације експресије вируса током инфекције директно из геномске секвенце. v) Неки од резултата на проблематици биофизичког приступа анализибиолошких секвенци и моделовања динамике регулаторних система су сумаризовани у [47] (ревијални рад по позиву). 2) Моделовање регулација и динамике рестрикционо-модификационих система бактерија Основана мотивација иза рада М. Ђорђевића на анализи динамике и регулације рестрикциономодификационих (R-M) система бактерија је разумевање стратегија које омогућавају експресију 24

потенцијално отровних, али, у супротном, корисних молекула у бактеријским ћелијама. Управо такав молекул је рестрикциона ендонуклеаза, која брани ћелију домаћина од напада бактериофага (односно корисна је), али истовремено може да исече геном бактерије (односно токсична је) при успостављању у наивној бактерији домаћину. Такође, нов обрт у истраживању је да су на R-M системима изведени први експерименти на нивоу појединачних ћелија, омогућивши директно мерење одговарајуће динамике система, што је отворило нове видике у разумевању контроле бактеријских имунских система. Зато су циљеви рада М. Ђорђевића на овој тематици следећи: i) Обезбеђивање теоријских метода и предвиђања потребних за анализу и интерпретацију експеримената на нивоу појединачних ћелија изведених на R-M системима, ii) Рачунско пертурбисање кључних регулаторних својстава пронађених у R-M системима са различитим архитектурама (конвергентном и дивергентном), са циљем разумевања њихове улоге у регулаторној динамици система,, iii) анализа R-M система са сложенијим регулаторним механизмима, као што је контрола на нивоу елонгације транскрипције, iv) Анализа ефеката динамике популације, односно поменљиве брзине раста ћелија бактерија на динамику експресије рестрикционо-модификационих система бактерија, v) Разумевање могућих заједничких принципа дизајна CRISPR/Cas и R-M система оличених у њиховој регулаторној динамици. i) У раду [14], развијен је модел регулације Esp1396I R-M система, при чему је коришћена статистичка термодинамика и динамичко моделовање да би се предвидела експресија рестрикционе ендонуклеазе и метилтрансферазе при успостављању R-M система у бактерији домаћину. Овај рад је део заједничког истаживања групе М. Ђорђевића са експерименталним сарадницима из Сент Петерсбурга, при чему су резултати моделовања упоређени са првим расположивим експерименталним подацима на нивоу појединачних ћелија. Развили смо и нумеричку процедуру која омогућава одређивање биохемијских параметара система, поређењем теоријских предвиђања са експерименталним мерењима. Показали смо да модел може да објасни најважније особине система, конкретно значајну екепериментално утврђену задршку у синтези рестрикционе ендонуклеазе у односу на метилтрансферазу. ii) У [36] је моделована динамика R-M система са различитим архитектурама, а за које је често на располагању ограничен број експерименталних података. Као пример таквог система је предложен EcoRV, где се може испитивати могућност одређивања параметара система, на основу грубе слике о очекиваној динамици експресије рестрикционе ендонуклеазе и метилтрансферазе при успостављању у бактерији домаћини, и ограничених афинитета мерења регулаторних елемената. iii) У [13] је развијен квантитативни (рачунски) модел регулације R-M система Kpn2I. Ова регулација је специфична по томе што се заснива како на контроли на нивоу иницијације транскрипције, путем преклапања супротно усмерених промотора, тако и на контроли на нивоу елонгације транскрипције, путем везивања C тетрамера унутар секвенце сопственог гена што делимично блокира пут (енг. roadblock) RNK полимерази током елонгације. Ово је први случај регулације путем roadblock ефекта описан код R-M система. Вредност параметара модела је процењена на основу резултата равнотежних експеримената, да би затим добијени модел био искоришћен за предвиђање динамике експресије ензима у ћелији, почевши од тренутка уласка система на плазмиду у нову ћелију-домаћина. Предвиђена динамика система се одликује раним пиком у синтези метилтрансферазе, тј. њеном синтезом у значајно већим количинама у односу на рестрикциону ендонуклеазу у почетном периоду успостављања система у новом домаћину. Пертурбисањем ефикасности блокаде елонгације транскрипције везивањем С протеина у моделу, и симулацијом динамике система при различитим нивоима те ефикасности, показано је да она 25

фино подешава количину метилтрансферазе у wild type систему, што је неопходно за успешно успоставњање система у бактерији домаћину. iv) In-vivo динамика експресије протеина у ћелијама бактерија зависи како од унутарћелијске регулације, тако и од ефеката динамике популације. Ови ефекти динамике популације, као што је међусобни однос брзина деобе ћелија и плазмида, су, међутим често занемарени у моделовању регулације експресије гена. Укључивање ових ефеката у модел уводи додатне заједничке параметре у динамичке једначине, што значајно повећава димензиналност простора параметара чије вредности морају да се одреде. У [28] је анализиран значај тих ефеката на примеру бактеријских R-M система. У њихов ранији модел, који се заснива на термодинамичком и моделовању динамике система, су сада укључени ефекти динамике популације. Да би се решио проблем ефективне спреге динамичких једначина, и пораста димензионалности параметарског простора, предложена је процедура сличну теорији средњег поља у статистичкој физици, која омогућава да се у првом наврату одреди само део параметара, њиховим засебним фитом на динамику експресије појединачних молекула. Надаље је показано да занемаривање ефеката динамике популације може да води ка препознавању непостојећих регулаторних механизама. v) У поглављу по позиву у књизи Systems Biology издавача SpringerNature [2], дат је детаљан преглед методологије коришћене у моделовању CRISPR/Cas и R-M система, као и дискусију могућности да се ови механистички веома различити системи објасне са пар једноставних принципа дизајна. 3) Рачунарска анализа CRISPR/Cas система бактерија Овај део истраживања М. Ђорђевићa проистиче из потребе за бољим квантитативним разумевањем CRISPR/Cas система, који су у међувремену постали водећа тема истраживања, како у оквиру базичне молекуларне биологије, тако и њихове примене у биотехнологији. Конкретни циљеви овог истраживања су следећи: i) како својства контроле CRISPR/Cas система утичу на динамику активације овог система, ii) колико су распрострањене неканонске функције CRISPR/Cas-a које се остварују преко малих РНК молекула, iii) разумевање процеса CRISPR адаптације, при којем се сегменти бактеријске или вирусне ДНК уграђују у CRISPR низ, iv) разумевање неканоских функција које се остварују кроз интеракције CRISPR спејсера са геномом бактерије домаћина. i) Једно од главних питања је како се индукује експресија CRISPR/Cas система. У [35] je примељено квантитативно моделовање да би се остварило разумевање главних корака у индукцији CRISPR/Cas система. Први главни корак у CRISPR/Cas експресији је транскрипција CRISPR низа и Cas гена, при чему су под стандардним условима CRISPR и Cas промотори репресовани од стране глобалних транскрипционих регулатора. У раду је закључено да су два кључна својства контроле CRISPR/Cas, одговорна за његов временско-специфичан динамички одговор, у коме систем одликује стрм прелаз (налик прекидачу) из искљученог у укључено стање, са кашњењем укључивања под контролом стопе разградње pre-crrnk. Осим тога, нађено је да кооперативна регулација транскрипције квалитативно води ка преласку у режим у коме се при великим брзинама обраде pre-crrnk, производња crrnk приближава граници тренутног покретања система. ii) Поред канонске одбрамбене функције, показано је да CRISРR/Cas системи обављају и вaжне неканонске фунције, које зависе од scarnk, т.ј. мале РНК која је кодирана изван CRISРR низа, а типично је ограничена сигналима за почетак (TSS) и крај транскрипције (терминатор) и комплементарна је другој малој РНК, кодираној у оквиру CRISРR/Cas система (tracrrnk). У раду [33], су по први пут систематски анализирне мале регулаторне РНК. Тежиште примењног 26

приступа је ab initio предвиђање малих РНК директно из геномске секвенце, које се заснива на заједничком предвиђању транскрипционих сигнала (почетака и терминатора транскрипције) и хомологије са поновком CRISРR низа. Прецизније, у претрази смо користили наш раније унапређен метод (развијен у оквиру пројекта) за предвиђање бактеријских почетака транскрипције (TSS), будући да овај корак у највећој мери ограничава тачност предвиђања малих РНК. У системима IIB, добијена предвиђања поклапају се са доступним експерименталним подацима, а присуство scarnk систематски је предвиђено у овом подтипу система CRISРR/Cas. Додатно, парови scarnk:tracrrnk предвиђени су и одређеном броју система IIА и IIC, при чему присуство ових малих РНК коинцидира са патогеношћу анализираних сојева. Свекупно, добијени резултати упућују на релативно широко присуство парова scarnk: tracrrnk у свим подтиповима CRISРR/Cas система типа II, и њихову везу са бактеријском вируленцијом. iii) У раду [12] је урађена биоинформатичка анализа која се односи на специфицитет процеса адаптације код CRISPR/Cas-a, односно на разумевање фактора који утичу на ефикасност уградње фрагмената стране ДНК (спејсера) код CRISРR/Cas система типа I-Е у Е. coli, а за који су описана два модалитета CRISРR адаптације - наивна и primed. Процес препознавања ових фрагмената једним делом зависи од кратких мотива непосредно уз фрагмент који се уграђује, тзв. РАМ-a (protospacer adjacent motif). Међутим, узорковање различитих спејсера, који су асоцираних са истим РАМ-oм, је праћено драстичним разликама у ефикасности њихове уградње у CRISРR низ. Биоинформатичка анализа експерименталних резултата (добијених high-throughput sequencingом) указујe да је током primed адаптације ефикасност уградње спејсера снажно негативно регулисана присуством тринуклотидног мотива AAG, који истовремено представља канонски РАМ за систем I-Е Е. coli. Овакав тренд за наивну адаптацију, међутим, није уочен. Ови резултати представљају важне почетне кораке у разумевању специфичног образца којим се спејсери уграђују током primed адаптације. iv) CRISPR/Cas je адаптивни имунски систем бактерија, чији CRISPR низ се активно мења као одговор на инфекције. За тип I-E CRISPR/Cas систем код Е. coli (добро установљен модел систем) се чини да не врши такву адаптацију, што сугерише да може да има функције другачије од имунског одговора. У раду [27], је рачунски анализирано учешће система у неканонским функцијама. При томе су CRISPR спејсери поравнати са геномом Е. coli, кao и са екстензивним скупом (~230) E. coli вируса. Систематски смо истражили добијена поравнања, као што је расподела погодака у оквиру анотације генома, тенденција да мета буде ирнк, функционална обогаћеност мета, конзервација CRISPR спејсера и предвиђених мета у сродним геномима бактерија. Нашли смо да CRISPR спејсери имају статистички високо значајну тенденцију да гађају: i) геном бактерије домаћина у односу на фагне геноме, ii) један од два ДНК ланца, iii) двоструки ланац ДНК уместо ирнк, iv) транскрипционо активне регионе. Укупно, резултати указују да тип I-E CRISPR/Cas систем код E. coli доминантно има улогу у транскрипционој регулацији ендогених гена, при чему су мете одабране кроз наивну адаптацију. 4) Pазумевање кварк-глуонске плазме При сударима масивних језгара у моћним сударачима у CERN-у (LHC експерименти), настаје ново екстремно агрегатно стање материје, које се назива Кварк-глуонска плазма (КГП), а које се састоји од кваркова, антикваркова и глуона који међусобно интерагују. Проучавање КГП је нова, интердисциплинарна научна област, која се налази на граници физике високих енергија, статистичке физике и нумеричких метода. Рад М. Ђорђевића у овој области се заснива на примени концепата из статистичке физике и нумеричких метода, а његов конкретан допринос радовима је следећи: i) 27

релаксација широко распрострањене soft-gluon апроксимације у прорачунима губитака енергије честица при проласку кроз КГП, ii) генерисање теоријских предвиђања iii) оптимизација нумеричког кода и проучавање интеракција у КГП на основу генерисаних предвиђања и поређења са експерименталним резултатима. Резултати остварени у самим радовима су следећи. i) Поуздана предвиђања експерименталних опсервабли у релативистичким сударима тешких јона захтевају тачнe прорачуне губитака енергије честица које пролазе кроз КГП. Са тим циљем је развијен формализам енергетских губитака високо енергијских честица (џетова) у реалистичној КГП средини. Ради додатног унапређења овог модела, у раду [39] је релаксирана широко распрострањена soft-gluon апроксимација. Ова апроксимација подразумева значајно нижу енергију израченог глуона у односу на енергију почетног џета, и очекује се да престаје да важи за џетове у опсегу 5<pT<10GeV, где су подаци најбројнији, што овај опсег чини значајним за КГП томографију, па је самим тим и звачај ове релаксације веома битан и са теоријског аспекта. ii) На основу динамичког формализма, развијена је нумеричка процедура, на основу које су у раду [39] генерисана предвиђања пригушења тешких кваркова у LHC експериментима на 5.1 ТеV и дата предвиђања су упоређена са предвиђањима на 2.76 ТеV. Поређењем предвиђања на ове две енергије је добијен неочекиван резултат истих пригушења. Ова неочекивана предвиђања су интуитивно објашњена, а експериментална потврда датих предвиђања је стигла годину дана касније са првим расположивим мерењима на 5.01ТеV у LHC. iii) У оквиру теоријског испитивања КГП, М. Ђорђевић је допринео развоју нумеричке процедуре за томографију (т.ј. проучавање особина) КГП. Дати код је укључивао динамички формализам губитака енергије високо енергијских партона (тзв. џетова) у КГП, са разним додатним битним ефектима, и са тог становишта, код је представљао најнапреднији метод за теоријске прерачуне супресије џетова. Међутим иако прецизан, код је био доста спор, а такође је и подразумевао плазму коначне температуре која се не мења током еволуције. У раду [32], прво је аутоматизован и оптимизован код да произведе поуздана предвиђања у најкраћем могућем року. Затим је настављено са развојем нумеричке процедуре у случају КГП која се шири и хлади, т.ј. температура плазме се мења током њене еволуције. Први корак у оквиру овог циља је увођење Бјоркеновог модела, који представља основни аналитички модел еволуције КГП, и основу за поређење резултата супресије у случајевима када има и када нема еволуције КГП. Бјоркен код је развијен, аутоматизован и оптимизован, и на основу њега је генерисан широк спектар теоријских предвиђања за супресију и елиптички ток лаких и тешких џетова, што је представљено у раду [29]. Развијен код је затим искоришћен да се предложи обсервабла из које се природа интерацкције честица са КГП може одредити директно из експерименталних података [30]. 4. ЗАКЉУЧНО МИШЉЕЊЕ И ПРЕДЛОГ КОМИСИЈЕ Увидом у биографију и библиографију кандидата као и прегледом његове наставне активности Комисија закључује да је др Марко Ђорђевић етаблирани наставник који се убедљиво доказао на научном и академском пољу. Истичемо да је др Ђорђевић од последњег избора (у звање ванредног професора) публиковао 21 рад М20 категорије, од чега 16 М21(а) радова, а да му је средњи импакт фактор публикација 4.4. Своје знање стечено и у иностраним центрима где се специјализовао, кандидат успешно преноси на студенте на свим нивоима студија основним, мастер и докторским Биолошког факултета, као и на докторским студијама при Универзитету у Београду. Од избора у звање, кандидат је био ментор на две докторске дисертације и шест мастер теза. Чланови Комисије такође истичу постојан интерес студената за предавања и менторство др Ђорђевића, као и његов значајан допринос увеђењу биоинформатике на сва три нивоа студија, при чему је на Катедри за општу физиологију са биофизиком 28

од успешних студената формирао групу из квантитативне биологије. Желимо посебно да истакнемо и континуирани допринос кандидата развоју Биофизике на Катедри за општу физиологију и биофизику Биолошког факултета. Др Ђорђевић је и успешан у добијању и руковођењу међународних и домаћих пројеката, при чему је, током последњег изборног периода, руководио пројектом ЕУ Оквирног програма 7, SCOPES пројектом Швајцарске фондације, пројектом из позива Развој високог образовања МНПТР, као и националним пројектом МПНТР РС. Имајући горе наведено у виду Комисија има изузетно задовољство да предложи Изборном већу да утврди предлог за реизбор др Марка Ђорђевића у звање ванредни професор. Београд, 25.07.2019. год. ЧЛАНОВИ КОМИСИЈЕ др Павле Анђус, редовни професор Биолошког факултета Универзитета у Београду др Јелена Кнежевић-Вукчевић, редовни професор Биолошког факултета Универзитета у Београду др Бранислав Јеленковић, дописни члан САНУ научни саветник Института за физику у Београду 29

Образац 4 A А) ГРУПАЦИЈА ПРИРОДНО-МАТЕМАТИЧКИХ НАУКА С А Ж Е Т А К РЕФЕРАТА КОМИСИЈЕ O ПРИЈАВЉЕНИМ КАНДИДАТИМА ЗА ИЗБОР У ЗВАЊЕ I - О КОНКУРСУ Назив факултета: Универзитет у Београду Биолошки факултет Ужа научна, односно уметничка област: Биофизика Број кандидата који се бирају: 1 Број пријављених кандидата: 1 Имена пријављених кандидата: 1. др Марко Ђорђевић II - О КАНДИДАТИМА 1) - Основни биографски подаци - Име, средње име и презиме: Марко Ј. Ђорђевић - Датум и место рођења: 13.12.1976. Београд - Установа где је запослен: Биолошки факултет, Универзитет у Београду - Звање/радно место: ванредни професор - Научна, односно уметничка област: Биофизикa 2) - Стручна биографија, дипломе и звања Основне студије: - Назив установе: Физички факултет, Универзитет у Београду - Место и година завршетка: Београд, 2000 Магистеријум: - Назив установе: Columbia University Physics Department, New York. - Место и година завршетка: Њујорк, 2002 - Ужа научна, односно уметничка област: биофизика Докторат: - Назив установе: Columbia University Physics Department, New York. - Место и година одбране: Њујорк, 2005 - Наслов дисертације: Biophysics and bioinformatics of transcription regulation in bacteria and bacteriophages - Ужа научна, односно уметничка област: биофизика Последокторске студије: - Назив установе: Mathematical Biosciences Institute, Ohio State U - Место и година: Колумбус, Охајо, октобар 2005 август 2008 - Ужа научна, односно уметничка област: квантитативно моделовање биолошких система Досадашњи избори у наставна и научна звања: Септ. 2000 Јан. 2001: Faculty fellow, Dept. of Physics, Columbia U., USA Јан. 2001 - Јун 2005: Research Assistant, Dept. of Physics, Columbia U., USA 1

Oкт. 2005 Авг. 2008 Postdoctoral fellow, The Ohio State Univeristy, USA Септ. 2008 Јун 2010: Assistant Professor of Physics, Arkansas State U & The Arkansas Biosciences Institute, USA. Септ. 2010 Дец. 2014: Доцент, Биолошки факултет, Универзитет у Београду. Дец. 2014 : Ванредни професор, Биолошки факултет, Универзитет у Београду. 3) Испуњени услови за избор у звање вандредни професор ОБАВЕЗНИ УСЛОВИ: (заокружити испуњен услов за звање у које се бира) 1 Приступно предавање из области за коју се бира, позитивно оцењено од стране високошколске установе 2 Позитивна оцена педагошког рада у студентским анкетама током целокупног претходног изборног периода oценa / број година радног искуства Средња оцена М. Ђорђевића на студенстким анкетама у периоду 2015-2019 износи 4,5. Иста средња оцена је била и у периоду 2010-2014. Распон оцена из студентских анкета је од 4.4 (физика) до 5.0 (основи молекуларне биофизике). 3 Искуство у педагошком раду са студентима М. Ђорђевић има деветнаест година наставног искуства, што укључује девет године предавања на Биолошком факултету, као и наставу (предавања и вежбе) на три универзитета у САД (Колумбија Универзитету, Државном Универзитету Охаја, Државном Универзитету Арканзаса). Настава на Биолошком факултету обухвата сва три нивоа студија, при чему држи предавања и вежбе за око 250 студената. Такође, од оснивања, предаје и на Мултидисциплинарним докторским студијама при Универзитету у Београду. (заокружити испуњен услов за звање у које се бира) 4 Резултати у развоју научнонаставног подмлатка на факултету 5 Учешће у комисији за одбрану три завршна рада на специјалистичким, односно мастер академским студијама Број менторства / учешћа у комисији и др. На Биолошком факултету руководи групом из квантитативне биологије. Такође је руководио на два међународна и два домаћа пројекта, на којима је учествовао и већи број младих истраживача. Докторанди и мастер студенти из његове групе су такође и добитници награда за истраживање урађено у његовој групи. М Ђорђевић је био ментор и члан комисије на девет мастер теза (шест након избора у звање), за које су истраживања урађена на Биолошком факултету. Такође је ментор пет студената докторских студија, од чега су два студента докторирала након избора у претходно звање. Био је члан комисије за 3 докторске дисертације и један магистарски рад. На Државном Универзитету Охаја је био ментор четири студента у оквиру VIGRE групе из математичке биологије. 2

(заокружити испуњен услов за звање у које се бира) 6 Објављена два рада из категорије М21 ; М22 или М23 из научне области за коју се бира 7 Учешће на научном или стручном скупу (категорије М31- М34 и М61-М64). 8 Објављена три рада из категорије М21, М22 или М23 од првог избора у звање доцента из научне области за коју се бира 9 Оригинално стручно остварење или руковођење или учешће у пројекту 10 Одобрен и објављен уџбеник за ужу област за коју се бира, монографија, практикум или збирка задатака (са ISBN бројем) 11 Саопштена три рада на међународним или домаћим научним скуповима (категорије М31-М34 и М61-М64) 12 Објављена два рада из категорије М21, М22 или М23 у периоду од последњег избора из научне области за коју се бира. (за поновни избор ванр. проф) 13 Саопштена три рада на међународним или домаћим Број радова, сапштења, цитата и др Навести часописе, скупове, књиге и друго 5 Руководилац je пројекта из биоинформатике Министарства просвете, науке и технолошког образовања (МНПТР, од 2011. године), а био је и руковидиоц FP7 Marie Curie IRG из биоинформатике (2011-2015), ко-руководилац (co-pi) SCOPES пројекта Швајцарске националне научне фондације (2013-2017), као и руководилац пројекта из позива Развој високог образовања МНПТР (2018. године). Такође је учесник на једном међународном пројекту EU Horizon2020 ERC-2016-CoG (од 2017. године). Ђорђевић М и Ђорђевић М, Основе физике за биологе: Задаци и питања се решењима, Биолошки факултет, Универзитет у Београду (2014) [ISBN 978-86-7078-112-2]. 44 током укупне каријере, од тога 20 од избора у звање ванредног професора М. Ђорђевић је аутор или коаутор 41 оригиналних научних радова (од чега 12 M21а, 24 M21, 3 М22 и један М23), 6 ревијалних радова по позиву (од чега један M21 и три М22) и два поглавља у истакнутој монографији међународног значаја. Од тога је на 34 радова, први или дописни (corresponding) аутор, или главни аутор задужен за моделовање (када су радови резултат сарадње са извођачима експерименталног дела). Средњи IF међународних часописа у којима су објављени његови научни радови је 4.6. 36 његових радова су објављена по повратку у Србију, са средњим IF 4.3. Након избора у звање ванредни професор, објавио је 21 рад (од тога 3 M21а, 13 M21, 3 М22 и један М23) са средњим IF 4.4, што указује на континуалну продуктивност и квалитет његових научних резултата. 20 М. Ђорђевић је одржао 43 предавања на конференцијама. Од тога је 20 радова категорије 3

научним скуповима (категорије М31-М34 и М61-М64) у периоду од последњег избора из научне области за коју се бира. (за поновни избор ванр. проф) 14 Објављена четири рада из категорије М21, М22 или М23 од првог избора у звање ванредног професора из научне области за коју се бира. 15 Цитираност од 10 хетеро цитата 1418 (по Google Schoolar-у) 16 Саопштено пет радова на међународним или домаћим скуповима од којих један мора да буде пленарно предавање или предавање по позиву на међународном или домаћем научном скупу (М31-М34 и М61- М64) 17 Књига из релевантне области, одобрен џбеник за ужу област за коју се бира, поглавље у одобреном уџбенику за ужу област за коју се бира или превод иностраног уџбеника одобреног за ужу област за коју се бира, објављени у периоду од избора у наставничко звање 18 Број радова као услов за менторство у вођењу докт. дисерт. (стандард 9 Правилника о стандардима...) 44 М31-М34 и М61-М64 од избора у звање ванредни професор. М. Ђорђевић је такође одржао 34 предавања на колоквијумима и семинарима на универзитетима и истраживачким центрима, и био коорганизатор четири међународне конференције (једне у САД и три у Србији). Први је аутор на два од своја три најцитиранија рада (са бројем цитата по раду већим од 140) и h-index његових публикација је 18 (по Google Schoolar-у). Његови радови су укупно цитирани 1418 при чему је цитираност пута (по Google Schoolar-у), његових радова порасла за ~ 850 од избора у звање ванредни професор. 4

ИЗБОРНИ УСЛОВИ: (изабрати 2 од 3 услова) Заокружити ближе одреднице (најмање пo једна из 2 изабрана услова) 1. Стручно-професионални допринос 2. Допринос академској и широј заједници 3. Сарадња са другим високошколским, научноистраживачким установама, односно установама културе или уметности у земљи и иностранству 1. Председник или члан уређивачког одбора научних часописа или зборника радова у земљи или иностранству. 2. Рецензент у водећим међународним научним часописима, или рецензент међународних или националних научних пројеката. 3. Председник или члан организационог или научног одбора на научним скуповима националног или међународног нивоа. 4. Председник или члан комисија за израду завршних радова на академским основним, мастер или докторским студијама. 5. Руководилац или сарадник на домаћим или међународним научним пројектима. 6. Аутор/коаутор прихваћеног патента, техничког унапређења или иновације. 7. Писма препоруке. 1. Чланство у страним или домаћим академијама наука, или чланство у стручним или научним асоцијацијама у које се члан бира. 2. Председник или члан органа управљања, стручног органа или комисија на факултету или универзитету у земљи или иностранству. 3. Члан националног савета, стручног, законодавног или другог органа и комисије министарстава. 4. Учешће у наставним активностима ван студијских програма високошколске установе (перманентно образовање, курсеви у организацији професионалних удружења и институција, програми едукације наставника) или у активностима популаризације науке 5. Домаће и или међународне награде и признања у развоју образовања и науке. 6. Социјалне вештине (поседовање комуникационих способности, способности за презентацију, способности за тимски рад и вођење тима). 7. Способност писања пројектне документације и добијања домаћих и међународних научних и стручних пројеката. 1. Постдокторско усавршавања или студијски боравци у иностранству. 2. Руковођење или учешће у међународним научним или стручним пројекатима или студијама. 3. Радно ангажовање у настави или комисијама на другим високошколским или научноистраживачким установама у земљи или иностранству, или звање гостујућег професора, или истраживача. 4. Руковођење или чланство у органу професионалног удружења или организацији националног или међународног нивоа. 5. Учешће у програмима размене наставника и студената. 6. Учешће у изради и спровођењу заједничких студијских програма. 7. Предавања по позиву на универзитетима у земљи или иностранству. *Напомена: На крају табеле кратко описати заокружену одредницу 5

СТРУЧНО-ПРОФЕСИОНАЛНИ ДОПРИНОС 1. Председник или члан уређивачког одбора научних часописа или зборника радова у земљи или иностранству: Associate Editor: - Frontiers in Genetics, Section in Bioinformatics and Computational Biology, Frontiers Journals. Academic Editor: - PLOS ONE, PLOS Journals. Editorial Board member: - Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening, Bentham Science. Review Editor: - Frontiers in Molecular Biosciences, Frontiers Journals. 2. Рецензент у водећим међународним научним часописима, или рецензент међународних или националних научних пројеката. Рецезент часописа: Biochemistry (American Chemical Society), Bioinformatics (Oxford Journals), BMC Bioinformatics (BioMed Central), BMC Biotechnology (BioMed Central), BioTechniques (Informa Life Sciences), Bulletin of Mathematical Biology (The Society for Mathematical Biology), DNA Research (Oxford Journals), Frontiers in Genetics, Frontiers in Molecular Biosciences (Frontiers Journals), Nucleic Acids Research (Oxford University Press), Pacific Symposium on Biocomputing, Physical Biology (Institute of Physics), PLoS Computational Biology, PLoS ONE, Proceedings of the National Academy of Sciences of USA, Physical Review E, Physical Review Letters (American Physical Society), Journal of Bacteriology (American Society for Microbiology). Рецезент интернационалних пројеката Austrian Science Fund (FWN), Erwin Schroedinger Fellowships ERA-Chemistry Open Initiative, European Commission (trilateral Germany-Austria-Hungary), пре избора у звање ванредног професора. Dmitry Zimin Dynasty Foundation (Russia), пре избора у звање ванредног проф. 3. Председник или члан организационог или научног одбора на научним скуповима националног или међународног нивоа. Члан интернационалног програмског одбора: Belgrade Bioinformatics Conference (BelBI) 2016, Јун 20-24, 2016, Београд, Србија Belgrade Bioinformatics Conference (BelBI) 2016, Јун 18-22, 2018, Београд, Србија Члан локалног организационог одбора: Belgrade Bioinformatics Conference (BelBI) 2016, Јун 20-24, 2016, Београд, Србија Belgrade Bioinformatics Conference (BelBI) 2018, Јун 18-22, 2018, Београд, Србија 4. Председник или члан комисија за израду завршних радова на академским основним, мастер или докторским студијама Од избора у звање, кандидат је био ментор и члан комисија на две докторске дисертације и шест мастер теза. 5. Руководилац или сарадник на домаћим или међународним научним пројектима Др Ђорђевић је, током последњег изборног периода, успешно руководио пројектом ЕУ Оквирног програма 7, SCOPES пројектом Швајцарске фондације, пројектом из позива Развој високог образовања МНПТР, као и националним пројектом МПНТР РС. 6

ДОПРИНОС АКАДЕМСКОЈ И ШИРОЈ ЗАЈЕДНИЦИ 1. Чланство у страним или домаћим академијама наука, или чланство у стручним или научним асоцијацијама у које се члан бира. Потппредседник Српског друштва за биоинформатику и рачунарску биологију (БИРБИ), од 2018. 2. Председник или члан органа управљања, стручног органа или комисија на факултету или универзитету у земљи или иностранству. Члан програмског савета за Докторске студије из Биофизике, од 2016. године Међународна комисија за избор наставника: Skolkovo Institute of Science and Technology (Skoltech), Russia. Члан комисије за биомедицину, позван од Interim Provost Prof. Stevenson, 2015 2017. 3. Члан националног савета, стручног, законодавног или другог органа и комисије министарстава. 4. Учешће у наставним активностима ван студијских програма високошколске установе (перманентно образовање, курсеви у организацији професионалних удружења и институција, програми едукације наставника) или у активностима популаризације науке. Учешће у Ноћи истраживача 2017. и 2018. године, као и у више предавања намењених популаризацији науке. 5. Домаће и или међународне награде и признања у развоју образовања и науке. 6. Социјалне вештине (поседовање комуникационих способности, способности за презентацију, способности за тимски рад и вођење тима). Руководилац је групе из биоинформатике и моделовања биолошких система о успешности групе видети ставку 4. у табели на страни 2. Предавач је по позиву на великом броју семинара, домаћих и међународних конференција. 7. Способност писања пројектне документације и добијања домаћих и међународних научних и стручних пројеката. био је руководилац два домаћа и два међународна пројеката; видети ставку 5. у претходној секцији. САРАДЊА СА ДРУГИМ ВИСОКОШКОЛСКИМ, НАУЧНОИСТРАЖИВАЧКИМ УСТАНОВАМА, ОДНОСНО УСТАНОВАМА КУЛТУРЕ ИЛИ УМЕТНОСТИ У ЗЕМЉИ И ИНОСТРАНСТВУ 1. Постдокторско усавршавања или студијски боравци у иностранству - видети прву страну сажетка. 2. Руковођење или учешће у међународним научним или стручним пројекатима или студијама Марко Ђорђевић је био руководиоц и учесник на више домаћих и међународних пројеката, и у науци и у настави, видети ставку 5. на страни 6. 3. Радно ангажовање у настави или комисијама на другим високошколским или научноистраживачким установама у земљи или иностранству, или звање гостујућег професора, или истраживача видети ставку 3 на страни 2. 4. Руковођење или чланство у органу професионалног удружења или организацији националног или међународног нивоа наведено на почетку ове стране (прве две ставке). 5. Учешће у програмима размене наставника и студената. 6. Учешће у изради и спровођењу заједничких студијских програма. Учешће на Мултидисциплинарном докторском програму из Биофизике при Универзитету у Београду, као и мастер програмима Напредна анализе података и Оптика и фотоника за биомедицину који су у процесу акредитације при Универзитету у Београду. 7. Предавања по позиву на универзитетима у земљи или иностранству. М. Ђорђевић, или чланови групе под његовим менторством, су одржали 34 предавања на колоквијумима и семинарима на универзитетима и истраживачким центрима, од тога 6 након избора у звање. 7

III - ЗАКЉУЧНО МИШЉЕЊЕ И ПРЕДЛОГ КОМИСИЈЕ Увидом у биографију и библиографију кандидата као и прегледом његове наставне активности Комисија закључује да је др Марко Ђорђевић етаблирани наставник који се убедљиво доказао на научном и академском пољу. Истичемо да је др Ђорђевић од последњег избора (у звање ванредног професора) публиковао 21 рад М20 категорије, од чега 16 М21(а) радова, а да му је средњи импакт фактор публикација 4.4. Своје знање стечено и у иностраним центрима где се специјализовао, кандидат успешно преноси на студенте на свим нивоима студија основним, мастер и докторским Биолошког факултета, као и на докторским студијама при Универзитету у Београду. Од избора у звање, кандидат је био ментор на две докторске дисертације и шест мастер теза. Чланови Комисије такође истичу постојан интерес студената за предавања и менторство др Ђорђевића, као и његов значајан допринос увеђењу биоинформатике на сва три нивоа студија, при чему је на Катедри за општу физиологију са биофизиком од успешних студената формирао групу за квантитативну биологију. Желимо посебно да истакнемо и континуирани допринос кандидата развоју Биофизике на Катедри за општу физиологију и биофизику Биолошког факултета. Др Ђорђевић је и успешан у добијању и руковођењу међународних и домаћих пројеката, при чему је, током последњег изборног периода, руководио пројектом ЕУ Оквирног програма 7, SCOPES пројектом Швајцарске фондације, пројектом из позива Развој високог образовања МНПТР, као и националним пројектом МПНТР РС. Имајући горе наведено у виду Комисија има изузетно задовољство да предложи Изборном већу да утврди предлог за реизбор др Марка Ђорђевића у звање ванредни професор. Београд, 25.07.2019. год. ПОТПИСИ ЧЛАНОВА КОМИСИЈЕ др Павле Анђус, редовни професор Биолошког факултета Универзитета у Београду др Јелена Кнежевић-Вукчевић, редовни професор Биолошког факултета Универзитета у Београду др Бранислав Јеленковић, дописни члан САНУ научни саветник Института за физику у Београду 8

Wzjana o rr3bophocrr,r I4tve u npe3r4me KaHIr4Aara MAPKO bopbebi4h carnacno qna'y 26. cras 3. Ko4erca npo$ecr.*ralhe errrke vnzrepszrera y Beorpa4y, I43JABJbYJEM 4a je craxz ruoj paa z 4ocrzrnyhe, I{3BopHrr pe3yjrrar Mor r{hrejrekryajrhor pa1av4a raj pa4 ne ca4plkl.d Hr{KaKBe r43bope, OCr{M OHrlrx roja cy HaBeAeHr,r y pa[y, raljlrcam rpuruo/na ayropcka flpaba 14 Kopt4crl4o/na zmenexryuuy cnojutty Apyrr4x Jrr4rla. Y Beorpa4y, floruuc ayropa