Изборном већу Биолошког факултета Универзитета у Београду На X редовној седници Изборног већа Биолошког факултета од године изабрани смо у

Транскрипт

1 Изборном већу Биолошког факултета Универзитета у Београду На X редовној седници Изборног већа Биолошког факултета од године изабрани смо у Комисију за реизбор једног ванредног професора за ужу научну област Биофизика на Катедри за општу физиологију и биофизику у Институту за физиологију и биохемију. На оглас објављен у листу Послови године јавио се један кандидат, др Марко Ђорђевић, ванредни професор. Тим поводом Комисија подноси следећи ИЗВЕШТАЈ 1. БИОГРАФСКИ ПОДАЦИ Марко Ђорђевић је рођен у Београду, 13. децембра године, где је завршио основну и средњу школу. У јулу године је освојио бронзану медаљу на XXVI Meђународној олимпијади из физике у Канбери, Аустралија. Исте године је уписао Физички факултет Универзитета у Београду, на коме је дипломирао јуна године, са просечном оценом 9.93 и оценом 10 на дипломском испиту. Током основних студија je добио награду Проф. др Ђорђе Живановић коју Физички факултет и Институт за физику додељују најбољим студентима у генерацији, пет година је био стипендиста Републичке фондације за развој научног подмлатка, а три године стипендиста фондације Мадлена Јанковић. У септембру године, М. Ђорђевић је уписао докторске студије физике на Колумбија Универзитету, као стипендиста универзитета. У октобру године, М. Ђорђевић је, као први у генерацији докторских студија, докторирао на тези из биофизике под насловом Биофизика и биоинформатика транскрипционе регулације бактерија и бактериофага (Biophysics and bioinformatics of transcription regulation in bacteria and bacteriophages ). Од октобра до августа године, био је последокторски стипендиста на Институту за математичку биологију на Државном Универзитету Охаја. Његове докторске и последокторске студије такође укључују интердисциплинарно усавршавање кроз учешће на већем броју дужих научних програма из биофизике, као и полугодишњи интензивни курс из експерименталне молекуларне биологије на Колумбија Универзитету. Од августа до маја године је био Assistant Professor of Physics на Државном Универзитету Арканзаса и на Институту Арканзаса за Биолошке Науке, а добио је и понуду за доцента Assistant Professor на NORDITA (Nordic Institute for Theoretical Physics) у Штокхолму, Шведска. У априлу године, изабран је за доцента, a у децембру године за ванредног професора на Биолошком факултету Универзитета у Београду. На Биолошком факултету води групу из биоинформатике и моделовања биолошких система. Такође, предаје групу предмета везаних за биоинформатику, биофизику и системску биологију на сва три нивоа студија. Радио је на низу проблема из молекуларне биологије и биофизике, а текуће истраживање му је усресређено на квантитативно разумевање бактеријских имунских система (CRISPR/Cas и рестрикционо-модификационих система). (Ко)аутор је 49 оригиналних научних радова, од чега је на 34 радова први или дописни (corresponding) аутор, или главни аутор задужен за моделовање (када су радови резултат сарадње са извођачима експерименталног дела). Средњи импакт фактор (IF) његових радова је 4.6 и радови су цитирани >1400 пута (по Google Schoolar-у). 34 радa су објављена по повратку у Србију, са средњим IF 4.4. Резултате истраживања је презентовао као 43 предавања на међународним конференцијама и 34 семинара на водећим универзитетима и истраживачким центрима у свету. 1

2 Уредник је (Associate Editor) за секцију из биоинформатике и рачунске биологије за Frontiers in Genetics, Academic Editor за PLOS-ONE (врхунски међународни часописи), као и рецезент за велики број међународних часописа. Rуководилац je пројекта из биоинформатике Министарства просвете, науке и технолошког образовања (МНПТР), а био је и руковидиоц FP7 Marie Curie IRG из биоинформатике, ко-руководилац (co-pi) SCOPES пројекта Швајцарске националне научне фондације, као и руководилац пројекта из позива Развој високог образовања МНПТР. 2. НАСТАВНО-ПЕДАГОШКА ДЕЛАТНОСТ 2.1 ПРЕГЛЕД УКУПНЕ НАСТАВНЕ АКТИВНОСТИ М. Ђорђевић има деветнаест година наставног искуства, што укључује предавања и вежбе на Биолошком факултету, као и наставу (предавања и вежбе) на три универзитета у САД (Колумбија Универзитету, Државном Универзитету Охаја, Државном Универзитету Арканзаса). Његово учешће у настави у САД обухвата предмете у распону од општих курсева физике на основним студијама, до специјализованих курсева из моделовања и анализе биолошких података на докторским студијама. Учешће на Биолошком факултету обухвата наставу на сва три нивоа студија (основне, мастер и докторске), при чему на основним и мастер студијама држи предавања и вежбе за око 250 студената. На предмету Физика за биологе, на којем М. Ђорђевић држи предавања и вежбе, пролазност студената је повећана са 40% на 70%; предмет je темељно реорганизован и прилагођен студентима биологије, са тежиштем на активном усвајању градива током семестра. На предмету Биоинфоматика, коју на мастер студијама похађа преко 30 студената, М. Ђорђевић је развио и практичне вежбе на рачунарима које су већином засноване на примерима из његовог истраживања. На мастер студијама држи предмет Основе молекуларне биофизике, који прате и напредније рачунске вежбе, а на којима студенти (углавном модула биофизика), добијају важна квантитативна знања (предмет је у 2018/2019 оцењен са 5 на студентским анкетама). По новој акредитацији, а на иницијативу студената, уведене су и Основе биоинформатике на основним студијама, које ће прва генерација узети следеће школске године. Распон оцена из студентских анкета је од 4,4 (физика) до 5,0 (основи молекуларне биофизике). Додатно, у оквиру предмета Основе системске биофизике (по новој акредитацији Основе системске биологије) на основним студијама, М. Ђорђевић је развио вишенедељни блок предавања и вежби из системске молекуларне биологије. На докторским студијама од ове школске године држи биоинформатику и рачунску биологију, где студенти добијају напредна знања из ове области кроз интензиван рад на рачунарима и кроз анализу реалних билошких података, при чему се велик део материјала заснива на истраживању групе М. Ђорђевића. Поред овог предмета, такође држи предавања из неуроинформатике и рачунске имунобиологије. На мултидисциплинарним докторским студијама биофизике при БУ М. Ђорђевић предаје предмет Молекуларна биофизика. који је обавезан на првој години студија. Позван је и да учествује у мастер програмима Напредна анализа података (учешће у настави предмета Aнализа података у биологији и медицини), као на мастер програму биофотоника (на предмету Рачунска биофизика ). Активно је учествовао и у популарним предавањима ван факултета (Коларчева задужбина, Студентска конференција). Био је ментор девет мастер теза и две докторске дисертације. Био је члан комисије за одбрану 3 докторске дисертације и једног магистарског рада. Тренутно је ментор три докторанда, Анђеле Родић (мастер молекуларне биологије), Стефана Граовца (мастер физике), и Огњена Милићевића (дипломирао електротехнику и медицину), при чему је њихово досадашње истраживање довело до више заједничких радова у врхунским међународним часописима. 2

3 М. Ђорђевић је коаутор два уџбеника: помоћног уџбеника из физике за биологе и збирке задатака за припрему за међународне олимпијаде из физике. а) Основне наставне активности: УЏБЕНИЦИ, СКРИПТА, ПРАКТИКУМИ 2.2 ВРЕДНОВАЊЕ НАСТАВНОГ РАДА Објављен помоћни уџбеник, или практикум, или збирка радатака Пре избора у звање доцента: 1. Грбић Б, Ђорђевић М, Поповић-Божић М и Стошић М, Међународне олимпијаде из физике , Друштво физичара Србије (2000) [ISBN ]. После избора у звање доцента а пре избора у звање ванредног професора: 2. Ђорђевић М и Ђорђевић М, Основе физике за биологе: Задаци и питања се решењима, Биолошки факултет, Универзитет у Београду (2014) [ISBN ]. MEНТОРСТВО/KOMEНТОРСТВО Одбрањена докторска дисертација После избора у звање ванредног професора: 1. Јелена Гузина (2017), Биоинформатичка анализа транскрипционе иницијације код бактеријских ECF σ факторa. Комисија: проф. др Марко Ђорђевић (ментор), др Магдалена Ђорђевић (коментор), проф. др Мирослав Живић, проф. др Гордана Павловић-Лажетић, др Слађана Спасић. 2. Миодраг Стокић (2015), Примена нелиенарних метода у анализи промена ЕЕГ тета ритма при формирању краткорочне аудитивне меморије код људи, Комисија: др Милена Цукић (ментор), проф. др Марко Ђорђевић (ментор), проф. др Павле Анђус, др Љиљана Добријевић. Одбрањен мастер рад Пре избора у звање ванредног професора: 1. Јелена Гузина (2013), Биоинформатичка анализа геномске секвенце бактериофага Комисија: доц. др Марко Ђорђевић (ментор), проф. др Павле Анђус, доц. др Мирослав Живић, др Магдалена Ђорђевић. 2. Ђорђе Марковић (2014), Веза између матрице тежине и функционалности места почетака транскрипције 70 промотора код Escherichia coli. Комисија: доц. др Марко Ђорђевић (ментор), доц. др Мирослав Живић, др Магдалена Ђорђевић, др Данијела Батавељић. 3. Марија Башић (2014), Веза између енергије везивања и функционалности места везивања за транскрипционе факторе САР и FNR код Escherichia coli. Комисија: доц. др Марко Ђорђевић (ментор), доц. др Мирослав Живић, др Магдалена Ђорђевић, др Данијела Батавељић. После избора у звање ванредног професора: 1. Анђела Родић (2015), Моделовање in-vivo динамике експресије Esp1396I рестрикциономодификационог система, проф. др Марко Ђорђевић (ментор), проф. др Мирослав Живић, др Магдалена Ђорђевић. 3

4 2. Никола Драгић (2015), Биоинформатичка анализа геномске секвенце бактериофага 7 11, проф. др Марко Ђорђевић (ментор), проф. др Мирослав Живић, Јелена Гузина. 3. Ивона Томић (2017), Биоинформатичко препознавање почетака транскрипције ECF σ фактора, проф. др Марко Ђорђевић (ментор), проф. др Биљана Божић. 4. Стефан Граовац (2018), Ефекти динамике популације код биофизичког моделовања регулације експресије гена код рестрикционо-модификационих система бактерија, Комисија: проф. др Марко Ђорђевић (ментор), проф. др Милан Кнежевић, проф. др Милош Вучић. 5. Марко Тумбас (2019), Анализа датираних протеин-протеин асоцијација добијених из научне литературе, проф. др Марко Ђорђевић (ментор), проф. др Мирослав Живић. 6. Алекса Ратарац (2019), Рачунарска анализа потенцијалне неканонске функције CRISPR низа без асоцираних Cas протеина код Escherichia coli, проф. др Марко Ђорђевић (ментор), др Бојан Божић (ментор). УЧЕШЋЕ У КОМИСИЈАМА Учешће у комисијама за одбрану докторске дисертације Пре избора у звање ванредног професора: 1. Љиљана Мартаћ (2013), Спектрална анализа електрокортикалне активности мозга пацова у моделу интоксикације алуминијумом. Комисија: проф. др Лидија Раденовић (коментор), др Слађана Спасић (коментор), проф. др Павле Анђус, доц. др Марко Ђорђевић. 2. Гордана Стојадиновић (2013), Спектралне и фракталне карактеристике електричне активности мозга пацова под акутним утицајем етарског уља камфоровог дрвета. Комисија: проф. др Павле Анђус (коментор), др Слађана Спасић (коментор), др Бранка Јанаћ, доц. др Марко Ђорђевић. 3. Срђан Ж. Кесић (2014), Примена Хигучијеве фракталне димензије и методе независних компонената у анализи спонтане биоелектричне активности Br неурона виноградарског пужа под деловањем константног магнетног поља и уабаина, др Слађана Спасић (коментор), проф. др Павле Анђус (коментор), др Бранка Јанаћ, доц. др Марко Ђорђевић. Учешће у комисијама за одбрану магистарске тезе Пре избора у звање ванредног професора: 1. Милош Ђекић, Нелинеарна динамика микротубула. Комисија: др Слободан Здравковић (ментор), проф. др Љиљана Колар-Анић, проф. др Мирко В. Сатарић, доц. др Марко Ђорђевић. (Интердисциплинарне докторске студије: Програм из биофизике, Универзитет у Београду) ДРЖАЊЕ НАСТАВЕ НА КУРСУ Држање наставе на курсу за који је кандидат у потпуности припремио наставни програм Пре избора у звање доцента: A. Предавања: 1. Electricity and Magnetism (2010), Arkansas State University, USA 2. Thermal Physics (2009), Arkansas State University, USA 3. General Physics I (2009), Arkansas State University, USA 4

5 4. Physics for health science professionals (2008), Arkansas State University, USA. 5. Tutorial on ChIP-chip data analysis (2007), The Ohio State University, USA. 6. VIGRE working group in mathematical biology (2006), The Ohio State University, USA. После избора у звање доцента а пре избора у звање ванредног професора: A. Предавања: 1. Молекуларна биофизика (2012, 2013, 2014), Интердисциплинарне докторске студије: Програм из биофизике, Универзитет у Београду, Србија. 2. Неуроинформатика (2013), Докторске студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 3. Компјутациона имунобиологија (2013), Докторске студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 4. Физика за биологе, ( ), Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 5. Биоинформатика ( ), Мастер студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 6. Рачунари у биологији (2011), Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 7. Системска биофизика (2013, 2014), двонедељни блок предавања и речунских вежби из Системске молекуларне биологије, Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија (није рачунато у бодовању). В. Рачунске вежбе: 8. Физика за биологе, ( ), Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 9. Биоинформатика ( ), Мастер студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 10. Рачунари у биологији (2011), Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. После избора у звање ванредног професора: A. Предавања: 1. Молекуларна биофизика ( ), Интердисциплинарне докторске студије: Програм из биофизике, Универзитет у Београду, Србија. 2. Биоинформатика и рачунска биологија (2018), Докторске студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 3. Неуроинформатика ( ), Докторске студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 4. Компјутациона имунобиологија ( ), Докторске студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 5. Биоинформатика ( ), Мастер студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 6. Основи молекуларне биофизике ( ), Мастер студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 7. Физика за биологе, ( ), Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 5

6 B. Рачунске вежбе: 8. Физика за биологе, ( ), Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. 9. Биоинформатика ( ), Мастер студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. Држање наставе на курсу за који је кандидат допунио наставни програм После избора у звање ванредног професора: A. Предавања: 1. Системска биофизика ( ), двонедељни блок предавања и речунских вежби из Системске молекуларне биологије, Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. B. Рачунске вежбе: 2. Системска биофизика ( ), двонедељни блок предавања и речунских вежби из Системске молекуларне биологије, Основне студије Биолошког факултета, Универзитет у Београду, Србија. Држање наставе на курсу са преузетим наставним програмом Пре избора у звање доцента: A. Вежбе: 17. Introduction to experimental physics laboratory (2001), Columbia University, USA. 18. Introduction to physics laboratory (2000, 2001), Columbia University, USA. б) Остале наставне активности (све активности наведене испод се односе на период После избора у звање ванредног професора, осим ако није експлицитно наведено у тексту испод): Координатор домаћих пројеката намењених усавршавању наставног процеса на факултету: Координатор: Program 2005 Високо Образовањe, програмска активност Развој Високог Образовања, "Oпремање рачунарске лабораторије на Универзитету у Београду Биолошком факултету за предмете везане за ИТ сектор", Министарство просвете, науке и технолошког развоја Републике Србије, СТРУЧНО-ПРОФЕСИОНАЛНИ ДОПРИНОС 1. Председник или члан уређивачког одбора научних часописа или зборника радова у земљи или иностранству: Associate Editor: - Frontiers in Genetics, Section in Bioinformatics and Computational Biology, Frontiers Journals. Academic Editor: - PLOS ONE, PLOS Journals. Editorial Board member: - Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening, Bentham Science. Review Editor: - Frontiers in Molecular Biosciences, Frontiers Journals. 6

7 2. Рецензент у водећим међународним научним часописима, или рецензент међународних или националних научних пројеката. Рецезент часописа: Biochemistry (American Chemical Society), Bioinformatics (Oxford Journals), BMC Bioinformatics (BioMed Central), BMC Biotechnology (BioMed Central), BioTechniques (Informa Life Sciences), Bulletin of Mathematical Biology (The Society for Mathematical Biology), DNA Research (Oxford Journals), Frontiers in Genetics, Frontiers in Molecular Biosciences (Frontiers Journals), Nucleic Acids Research (Oxford University Press), Pacific Symposium on Biocomputing, Physical Biology (Institute of Physics), PLoS Computational Biology, PLoS ONE, Proceedings of the National Academy of Sciences of USA, Physical Review E, Physical Review Letters (American Physical Society), Journal of Bacteriology (American Society for Microbiology). Рецезент интернационалних пројеката Austrian Science Fund (FWN), Erwin Schroedinger Fellowships ERA-Chemistry Open Initiative, European Commission (trilateral Germany-Austria- Hungary), пре избора у звање ванредног професора. Dmitry Zimin Dynasty Foundation (Russia), пре избора у звање ванредног проф. 3. Председник или члан организационог или научног одбора на научним скуповима националног или међународног нивоа. Члан интернационалног програмског одбора: Belgrade Bioinformatics Conference (BelBI) 2016, Јун 20-24, 2016, Београд, Србија Belgrade Bioinformatics Conference (BelBI) 2016, Јун 18-22, 2018, Београд, Србија Члан локалног организационог одбора: Belgrade Bioinformatics Conference (BelBI) 2016, Јун 20-24, 2016, Београд, Србија Belgrade Bioinformatics Conference (BelBI) 2018, Јун 18-22, 2018, Београд, Србија 4. Председник или члан комисија за израду завршних радова на академским основним, мастер или докторским студијама наведено у секцији Менторство/коментроство изнад. 5. Руководилац или сарадник на домаћим или међународним научним пројектима за допринос настави, наведено на почетку ове секције; за допринос науци, наведено у секцији ''Научно-истраживачки рад''. ДОПРИНОС АКАДЕМСКОЈ И ШИРОЈ ЗАЈЕДНИЦИ 1. Чланство у страним или домаћим академијама наука, или чланство у стручним или научним асоцијацијама у које се члан бира. Потппредседник Српског друштва за биоинформатику и рачунарску биологију (БИРБИ), од године 2. Председник или члан органа управљања, стручног органа или комисија на факултету или универзитету у земљи или иностранству. Члан програмског савета за Докторске студије из Биофизике, од године Међународна комисија за избор наставника: Skolkovo Institute of Science and Technology (Skoltech), Moscow, Russia. Члан комисије за биомедицину, позван од Interim Provost Prof. Keith Stevenson,

8 3. Члан националног савета, стручног, законодавног или другог органа и комисије министарстава. 4. Учешће у наставним активностима ван студијских програма високошколске установе (перманентно образовање, курсеви у организацији професионалних удружења и институција, програми едукације наставника) или у активностима популаризације науке. Учешће у Ноћи истраживача и године, као и у више предавања намењених популаризацији науке. 5. Домаће и или међународне награде и признања у развоју образовања и науке. 6. Социјалне вештине (поседовање комуникационих способности, способности за презентацију, способности за тимски рад и вођење тима). Руководилац је групе из биоинформатике и моделовања биолошких система о успешности групе видети резултате секције ''Научно-истраживачки рад''. Предавач је по позиву на великом броју семинара, домаћих и међународних конференција, више детаља је такође изложено у секцији ''Научно-истраживачки рад''. 7. Способност писања пројектне документације и добијања домаћих и међународних научних и стручних пројеката. био је руководилац више домаћих и међународних пројеката; за допринос настави, видите почетак ове секције; за допринос науци, видите секцију ''Научно-истраживачки рад''. САРАДЊА СА ДРУГИМ ВИСОКОШКОЛСКИМ, НАУЧНОИСТРАЖИВАЧКИМ УСТАНОВАМА, ОДНОСНО УСТАНОВАМА КУЛТУРЕ ИЛИ УМЕТНОСТИ У ЗЕМЉИ И ИНОСТРАНСТВУ 1. Постдокторско усавршавања или студијски боравци у иностранству - видети аутобиографију. 2. Руковођење или учешће у међународним научним или стручним пројекатима или студијама Марко Ђорђевић је био руководиоц и учесник на више домаћих и међународних пројеката, и у науци и у настави, а што је наведено у више детаља у тексту овог извештаја. 3. Радно ангажовање у настави или комисијама на другим високошколским или научноистраживачким установама у земљи или иностранству, или звање гостујућег професора, или истраживача за ангажовање у настави и комисијама, у земљи (ДАС на Универзитету у Београду) и иностранстцу (САД), видите изнад. 4. Руковођење или чланство у органу професионалног удружења или организацији националног или међународног нивоа. 5. Учешће у програмима размене наставника и студената. 6. Учешће у изради и спровођењу заједничких студијских програма. Учешће Мултидисциплинарном докторском програму из Биофизике при Универзитету у Београду, као и мастер програмима Напредне анализе података и Оптика и фотоника за биомедицину, који треба да се акредитују при Универзитету у Београду. 7. Предавања по позиву на универзитетима у земљи или иностранству. М. Ђорђевић је одржао 34 предавања на колоквијумима и семинарима на универзитетима и истраживачким центрима, од тога 6 након избора у звање. 8

9 2.3 СУМАРНИ ПРЕГЛЕД КВАНТИТАТИВНИХ ПОКАЗАТЕЉА НАСТАВНО- ПЕДАГОШКЕ АКТИВНОСТИ Наставне активности пре избора у звање доцента: Ознакa Врста резултата Вредност Број референци вредност M92 Збирка задатака M121 Држање наставе на курсевима за које је кандидат у потпуности припремио наставни програм М123 Држање наставе на курсевима са преузетим наставним програмом Укупно: 54 Наставне активности после избора у звање доцента а пре избора у звање ванредног професора: Врста резултата Вредност Број референци вредност Помоћни уџбеник Менторство у одбрањеним мастер радовима Учешће у комисијама за одбрану докторских дисертација Учешће у комисијама за одбрану магистарске тезе Држање наставе на курсевима за које је кандидат у потпуности припремио наставни програм Укупно: 95 Наставне активности после избора у звање ванредног професора: Врста резултата Вредност Број референци вредност Менторство у одбрањеним мастер радовима Менторство у одбрањеним докторским дисертацијама Држање наставе на курсевима за које је кандидат 6 9,33 56 у потпуности припремио наставни програм Држање наставе на курсевима за које је кандидат Допунио наставни програм Координатор домаћих пројеката намењених усавршавању наставног процеса на факултету Чланство у организационим одборима међународних cкупова Чланство у организационим одборима националних cкупова Укупно: 117 9

10 РЕКАПИТУЛАЦИЈА: Потребно за звање ванредни професор: 42 реализовано пре избора у звање доцента 54 реализовано после избора у звање доцента a пре избора и звање ванредног професора 95 реализовано после избора избора у звање ванредног професора РЕЗУЛТАТИ СТУДЕНТСКИХ АНКЕТА Средња оцена М. Ђорђевића на студенстким анкетама у периоду износи 4,5. Расподела по годинама је: 4,2 у 2014/2015; 4,6 у 2015/2016; 4,5 у 2016/2017; 4,5 у 2017/2018: 4.6 у 2018/ НАУЧНО-ИСТРАЖИВАЧКИ РАД 3.1 ПРЕГЛЕД УКУПНИХ НАУЧНИХ РЕЗУЛТАТА М. Ђорђевић је аутор или коаутор 41 оригиналних научних радова (од чега 12 M21а, 24 M21, 3 М22 и један М23), 6 ревијалних радова по позиву (од чега један M21 и три М22) и два поглавља у истакнутој монографији међународног значаја. Од тога је на 34 радова, први или дописни (corresponding) аутор, или главни аутор задужен за моделовање (када су радови резултат сарадње са извођачима експерименталног дела). Први је аутор на два од своја три најцитиранија рада (са бројем цитата по раду већим од 140) и h-index његових публикација је 18 (по Google Schoolar-у). Његови радови су укупно цитирани 1418 пута (по Google Schoolar-у), при чему је цитираност његових радова порасла за ~ 850 од избора у звање ванредни професор. Средњи IF међународних часописа у којима су објављени његови научни радови је његових радова су објављена по повратку у Србију, са средњим IF 4.3. Након избора у звање ванредни професор, објавио је а 21 рад (од тога 3 M21а, 13 M21, 3 М22 и један М23) са средњим IF 4.4, што указује на континуалну продуктивност и квалитет његових научних резултата. М. Ђорђевић је одржао 34 предавања на колоквијумима и семинарима на универзитетима и истраживачким центрима. Такође је одржао 43 предавања на конференцијама (од чега 25 пленарних презентација) и био коорганизатор четири међународне конференције (једне у САД и три у Србији). М. Ђорђевић је рецезент за велики број часописа категорије М20, као и пројеката из ERA програма Европске комисије (тријатерала Немачке, Аустрије и Мађарске) и Dmitry Zimin Dynasty фондације (Русија). Уредник је (Associate Editor) за секцију из биоинформатике и рачунске биологије за Frontiers in Genetics, Academic Editor за PLOS-ONE (врхунски међународни часописи), као и рецезент за велики број међународних часописа и интернационалних пројеката. Rуководилац je пројекта из биоинформатике Министарства просвете, науке и технолошког образовања (МНПТР, од године), а био је и руковидиоц FP7 Marie Curie IRG из биоинформатике ( ), коруководилац (co-pi) SCOPES пројекта Швајцарске националне научне фондације ( ), као и руководилац пројекта из позива Развој високог образовања МНПТР (2018. године). Такође је учесник на једном међународном пројекту EU Horizon2020 ERC-2016-CoG (од године). Научно интересовање М. Ђорђевића је биофизичко моделовање биолошких система и биоинформатика. У истраживању користи различите теоријске и нумеричке методе, да моделује биолошке процесе. Тако остварено биофизичко разумевање даље користи за развијање нових метода за анализу биолошких података; овакво биофизичко, уместо чисто статистичког, разумевање 10

11 биолошких процеса најчешће води до значајно унапређених биоинформатичких метода. На Биолошком факултету води групу из рачунске системске биологије (биоинформатике и моделовања биолошких система). Научно интересовање М Ђорђевића је уско везано за његов наставни рад, при чему предаје групу предмета везаних за биоинформатику, биофизику и системску биологију на сва три нивоа студија, као и за његово ангажовање у широј академској заједници (нпр. едитор два М21 и једног М23 часописа). Радио је на низу проблема из молекуларне биологије и биофизике, а текуће истраживање му је усресређено на квантитативно разумевање бактеријских имунских система (CRISPR/Cas и рестрикционо-модификационих система), и регулације експресије гена. Детаљнији приказ научних резултата остварених након избора у звање ванредног професора је изложен у секцији Анализа научних резултата. 3.2 БИБЛИОГРАФИЈА Укупна цитираност научних радова Марка Ђорђевића (по Google scholar-у): 1418 a) Основне научне активности: ПОГЛАВЉА У КЊИГАМА И МОНОГРАФИЈАМА, ПРЕГЛЕДНИ РАДОВИ M13 (поглавље у монографији М11): Пре избора у звање ванредног прпфесора a после избора у звање доцента: 1. Djordjevic M, Inferring protein-dna interaction parameters from SELEX experiments, p , in Istvan Ladunga (ed.), Computational Biology of Transcription Factor Binding, Methods in Molecular Biology, Humana press, Springer Science 2010, DOI / После избора у звање ванредног прпфесора: 2. Rodic A., Blagojevic B., Djodjevic, M. Systems biology of bacterial immune systems: regulation of restriction-modification and CRISPR-Cas systems, p , In: Rajewsky N., Jurga S., Barciszewski J. (eds) Systems Biology. RNA Technologies. Springer, Cham, РАДОВИ МЕЂУНАРОДНОГ ЗНАЧАЈА M21a (рад у врхунском међународном часопису): Пре избора у звање доцента: 3. Bogdanova E, Djordjevic M, Papapanagiotou I, Heyduk T, Kneale G and Severinov K, Transcription regulation of the type II restriction-modification system AhdI, Nucleic Acids Research, 36(5): 1429, (IF: 7.6; цитираност: 43) 4. Semenova E, Djordjevic M, Shraiman B and Severinov K, The tale of two RNA polymerases: transcription profiling and gene expression strategy of bacteriophage Xp10, Molecular Microbiology 55:764, (IF: 6.4; цитираност: 32) 5. Djordjevic M, Sengupta A M and Shraiman B, A biophysical approach to transcription factor binding site discovery, Genome Research 13(11):2381, (IF: 9.9; цитираност: 239) 6. Sengupta AM, Djordjevic M, Shraiman B, Specificity and robustness in transcription control networks, Proc. of the National Academy of Science 99:2072, (IF:10.9; цитираност: 90) Пре избора у звање ванредног прпфесора a после избора у звање доцента: 7. Zukher I, Novikova M, Tikhonov A, Nesterchuk M, Osterman I, Djordjevic M, Sergiev P, Sharma C, Severinov K, Ribosome-controlled transcription termination is essential for the production of antibiotic microcin C, Nucleic Acids Research 42:11891, (IF 8.8; цитираност: 10). 11

12 8. Djordjevic M, Djordjevic M and Blagojevic B, RHIC and LHC jet suppression in non-central collisions, Physics Letters B 737:298, 2014 (IF 6.1; цитираност: 80). 9. Djordjevic M, Djordjevic M, LHC jet suppression of light and heavy flavor observables, Physics Letters B 734:286, 2014 (IF 6.1; цитираност: 76). 10. Djordjevic M, Djordjevic M, Explaining the fine hierarchy in pion and kaon suppression at LHC: Importance of fragmentation functions, J Physics G 41:055104, 2014 (IF 5.3; цитираност:6). 11. Djordjevic M, Djordjevic M, Generalization of radiative jet energy loss to non-zero magnetic mass, Physics Letters B 709:229, 2012 (IF 5.3; цитираност: 46). После избора у звање звање ванредног прoфесора: 12. Musharova O, Vyhovskyi D, Medvedeva S, Guzina J, Zhitnyuk Y, Djordjevic M, Severinov K, Savitskaya E, Avoidance of Trinucleotide Corresponding to Consensus Protospacer Adjacent Motif Controls the Efficiency of Prespacer Selection during Primed Adaptation, mbio 9, e02169, 2018 (IF 7.3; цитираност: 2). 13. Klimuk E, Bogdanova E, Nagornykh M, Rodic A, Djordjevic M, Medvedeva S, Pavlova O, Severinov K, Controller protein of restriction-modification system Kpn2I affects transcription of its gene by acting as a transcription elongation roadblock, Nucleic Acids Research 46,10810, 2018 (IF 11.6; цитираност: 3). 14. Morozova N, Sabantsev A, Bogdanova E, Fedorova Y, Maikova A, Vedyaykin A, Rodic A, Djordjevic M, Khodorkovskii M, Severinov K, Temporal dynamics of methyltransferase and restriction endonuclease accumulation in individual cells after introducing a restriction-modification system, Nucleic Acids Research 44:790, 2016 (IF 10.2; цитираност: 22). M21 (рад у врхунском међународном часопису): Пре избора у звање доцента: 15. Djordjevic M and Bundschuh R, Open complex formation by bacterial RNA polymerase a quantitative model, Biophysical Journal, 94(11): 4233, (IF: 4.8; цитираност:33) 16. Djordjevic M, SELEX experiments: novel prospects applications and data analysis for inferring regulatory pathways, Biomolecular Engineering 24(2):179, 2007 (ревијални рад по позиву). (IF: 4.2; цитираност: 141) 17. Sevostyanova A, Djordjevic M, Kuznedelov K, Naryshkina T, Gelfand M, Severinov K and Minakhin L, Temporal regulation of viral transcription during development of Thermus thermophilus bacteriophage phiys40, Journal of Molecular Biology 366(2):420, (IF: 5.5; цитираност: 36) 18. Djordjevic M, Sengupta A M, Quantitative modeling and data analysis of SELEX experiments, Physical Biology 3:13, (IF: 2.8; цитираност: 43) 19. Djordjevic M, Semenova E, Shraiman B and Severinov K, Quantitative analysis of transcription strategy by a virulent bacteriophage, Virology, 354(2):240, (IF: 3.5; цитираност: 15) 20. Mendas I, Djordjevic M and Markovic M, Properties of the nonclassical maximum-entropy states, Journal of Physics A: Mathematical and General 33:921, (IF: 1.5) Пре избора у звање ванредног прпфесора a после избора у звање доцента: 21. Djordjevic M аnd Djordjevic M, Heavy flavor puzzle from data measured at the BNL Relativistic Heavy Ion Collider: Analysis of the underlying effects, Physical Review C 90:034910, 2014 (IF 3.9; цитираност: 25). 12

13 22. Djordjevic M, Djordjevic M, Severinov K, CRISPR transcript processing: a mechanism for generating a large number of small interfering RNAs, Biology Direct 7(1): 24, 2012 (IF 4.0; цитираност: 23). 23. Djordjevic M, Djordjevic M, A simple biosynthetic pathway for large product generation from small substrate amounts, Physical Biology 9(5): , 2012 (IF 3.1; цитираност: 3). 24. Pavlova O, Lavysh D, Klimik E, Djordjevic M, Ravcheev DA, Gelfand MS, Severinov K, Akulenko N, Temporal regulation of gene expression of the Escherichia coli bacteriophage phieco32, Journal of Molecular Biology, 416(3): 389, 2012 (IF 4.1; цитираност: 22). 25. Djordjevic M, Redefining Escherichia coli σ70 promoter elements: -15 motif as a complement of the -10 motif, Journal of Bacteriology, 193(22): 6305, 2011 (IF 4.0; цитираност: 45). 26. Pougach K, Semenova E, Bogdanova E, Datsenko KA, Djordjevic M, Wanner BL, and Severinov K, Transcription, transcripts processing and function of E. coli CRISPR locus, Molecular Microbiology, 77(6): 1367, 2010 (IF 5.6; цитираност: 209). После избора у звање звање ванредног прoфесора: 27. Bozic B, Repac J, Djordjevic M, Endogenous Gene Regulation as a Predicted Main Function of Type I-E CRISPR/Cas System in E. coli, Molecules 24, E784, 2019 (IF 3.4; цитираност: 1). 28. Graovac S, Rodic A, Djordjevic M, Severinov K, Djordjevic M, Effects of Population Dynamics on Establishment of a Restriction-Modification System in a Bacterial Host, Molecules 24, E198, 2019 (IF 3.4). 29. Zigic D, Salom I, Auvinen J, Djordjevic M, Djordjevic M, DREENA-B framework: first predictions of R AA and v 2 within dynamical energy loss formalism in evolving QCD medium, Physics Letters B 791, 236, 2019 (IF 4.8; цитираност: 7). 30. Djordjevic M, Zigic D, Djordjevic M, Auvinen J, How to test path-length dependence in energy loss mechanisms: analysis leading to a new observable, Physical Review C 99, (R), 2019 (IF 3.8; цитираност: 3). 31. Blagojevic B, Djordjevic M, Djordjevic M, Calculating hard probe radiative energy loss beyond the soft-gluon approximation: Examining the approximation validity, Physical Rev C 99, , 2019 (IF 3.8; цитираност: 6). 32. Zigic D, Salom I, Auvinen J, Djordjevic M, Djordjevic M, Joint R AA and v 2 predictions for Pb+Pb collisions at the LHC within DREENA-C framework, Journal of Physics G 46, , 2019 (IF 3.5). 33. Guzina J, Chen WH, Stankovic T, Djordjevic M, Zdobnov E, Djordjevic M, In silico Analysis Suggests Common Appearance of scarnas in Type II Systems and Their Association With Bacterial Virulence, Frontiers in Genetics 9,474, 2018 (IF 4.2; цитираност: 1). 34. Djordjevic M, Djordjevic M and Zdobnov E, Scoring Targets of Transcription in Bacteria Rather than Focusing on Individual Binding Sites, Frontiers in Microbiology 8, 2314, 2017 (IF 4.8; цитираност: 2). 35. Rodic A, Blagojevic B, Severinov K, Djordjevic M and Djordjevic M, Features of CRISPR-Cas Regulation Key to Highly Efficient and Temporally-Specific crrna Production, Frontiers in Microbiology 8, 2139, 2017 (IF 4.8; цитираност: 4). 36. Rodic A, Blagojevic B, Zdobnov E, Djordjevic M and Djordjevic M, Understanding key features of bacterial restriction-modification systems through quantitative modeling, BMC Systems Biology, 11, 377, 2017 (IF 2.9; цитираност: 8). 37. Guzina J and Djordjevic M, Mix-and-matching as a promoter recognition mechanism by ECF σ factors, BMC Evolutionary Biology 17, 12, 2017 (IF 3.6; цитираност: 8). 13

14 38. Guzina J, Djordjevic M, Inferring bacteriophage infection strategies from genome sequence: analysis of bacteriophage 7-11 and related phages, BMC Evolutionary Biology 15:S1, 2015 (IF 3.8; цитираност: 13). 39. Djordjevic M аnd Djordjevic M, Predictions of heavy-flavor suppression at 5.1 TeV Pb+Pb collisions at the CERN Large Hadron Collider, Physical Review C 92:024918, 2015 (IF 3.9; цитираност: 57). M22 (рад у водећем међународном часопису): Пре избора у звање ванредног прпфесора a после избора у звање доцента: 40. Djordjevic M, Efficient transcription initiation in bacteria: an interplay of protein-dna interaction parameters, Integrative Biology 5(5):796, 2013 (IF 4.5; цитираност: 2). 41. Djordjevic M, Modeling bacterial immune systems: strategies for expression of toxic - but useful - molecules, Biosystems 112(2):139, 2013 (IF 1.8; цитираност: 1) (ревијални рад по позиву). 42. Djordjevic M аnd Djordjevic M, Understanding the strong suppression patterns at RHIC and LHC, Modern Physics Letters A 29: , 2014 (IF 1.3) (ревијални рад по позиву). После избора у звање ванредног професора: 47. Djordjevic M, Rodic A, Graovac S, From biophysics to 'omics and systems biology, European Biophys Journal. 48, 413, 2019 (IF 2.5; цитираност: 1). (ревијални рад по позиву). 43. Djordjevic M, Zigic D, Blagojevic B, Auvinen J, Salom I, Djordjevic M, Dynamical energy loss formalism: from describing suppression patterns to implications for future experiments, Nuclear Physics A 982, 699, 2019 (IF 2.0). 44. Guzina J, Djordjevic M, Promoter recognition by ECF σ factors: analyzing DNA and protein interaction motifs, Journal of Bacteriology 198:1927, 2016 (IF 3.2; цитираност: 12). M23 (рад y часопису међународног значаја): После избора у звање звање ванредног прoфесора: 45. Nikolic M, Stankovic T, Djordjevic M, Contribution of bacterial promoter elements to transcription start site detection accuracy, Journal of Bioinformatics and Computational Biology 15: , 2017 (IF 1.0; цитираност: 3). M23a (рад у часопису међународног значаја без импакт фактора): Пре избора у звање доцента: 48. Mendas I, Djordjevic M, Boson Bogoliubov group and generalized squeezed states, Facta Universitatis 1:173, После избора у звање доцента а пре избора у звање ванредног професора: 49. Djordjevic M, Integrating sequence analysis with biophysical modeling for accurate transcription start site prediction., Journal of Integrative Bioinformatics 11(2):240, 2014 (ревијални рад по позиву). После избора у звање ванредног професора: 49. Guzina J, Djordjevic M, Bioinformatics as a first-line approach for understanding bacteriophage transcription, Bacteriophage 5:e , 2015 (ревијални рад по позиву). 14

15 РАДОВИ ОБЈАВЉЕНИ У ИЗВОДИМА M30 (пленарна предавања на скуповима међународног значаја штампана у целини): После избора у звање доцента а пре избора у звање ванредног професора: 1. Towards Accurate Transcription Start Site Prediction: a modelling approach, German Conference on Bioinformatics (GCB2014), Bielefeld, Germany, Sept 2014, штампано у GI Lecture Notes Informatics, Gesellschaft für Informatik, Bonn 2014, ISBN Transcription start site identification in bacteria: a modeling approach, Theoretical Approaches to BioInformation Systems - TABIS 2013, Belgrade, Serbia, Sept 2013, штампао Институт за физику у Београду. 3. CRISPR transcript processing: an unusual mechanism for rapid production of desired molecules, IPCAT th International Conference on Information Processing in Cells and Tissues, Trinity College, Cambridge, UK, Apr 2012, штампано у Lecture Notes in Computer Science, Springer 2012, ISBN M32 (пленарна предавања на скуповима међународног значаја штампана у изводу): Пре избора у звање доцента: 4. A Genome-wide Analysis of Poised Promoters in Bacteria, 7 th Annual Rocky Mountains Bioinformatics Conference, Snowmass Village, Colorado, Dec Biophysical modeling of transcription initiation in bacteria, 8 th International conf. on Information Processing in Cells and Tissues (IPCAT 2009), Franscini Ascona, Switzerland, Apr Quantitative modeling of transcription initiation in bacteria, BioSysBio Conference 2009, Cambridge, UK, Mar Using biophysics to investigate engineering principles behind transcription initiation, Engineering principles in Biological Systems, Cold Spring Harbor, NY, Dec Using in vitro selection to infer transcription regulatory networks, Evolution of Molecular Networks, KITP, Santa Barbara, California, Feb Computational search for transcription factor binding sites, 9 th Annual Conference on Computational Genomics, Baltimore, Maryland, Oct После избора у звање доцента а пре избора у звање ванредног професора: 10. Integrating Sequence Analysis with Biophysical Modelling for Accurate Transcription Start Site Prediction, 10 th International Symposium on Integrative Bioinformatics (IB2014), Newcastle, UK, May Predictions of bacterial transcription start sites - a biophysical approach, RBC The 5th Regional biophysics conference, Kladovo, Serbia, Sept Transcription Start Site Prediction in Bacteria, DMBI International Meeting on Data Mining in Bioinformatics, Belgrade, Serbia, Jun После избора у звање ванредног професора: 13. Analysis of CRISPR/Cas non-canonical functions, International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB19), Moscow, Russia, Jul Integrating computational systems biology and bioinformatics in research and education, Neuronet Initiative Project, International experience in education programs, Novosibirsk, Russia, Aug A Kolmogorov-Smirnov based approach for predicting targets of transcription, WIBSB 2018, First Sino-Russian Workshop on Integrative Bioinformatics and Systems Biology, Novosibirsk, Russia, Aug

16 16. Biophysical modeling of bacterial immune systems: analyzing regulation of CRISPR-Cas and restriction-modification systems, RBC2018, Zrece, Slovenia, May Understanding key features of CRISPR/Cas system induction through modeling, MCCMB17, Moscow, Russia, Julу CRISPR/Cas: from bacterial immune system to new biotechnology applications, JRC-ICGEB joint workshop genome editing and related technologies, Trieste, Italy, Nov From biophysical modeling to bioinformatics, Belgrade International Molecular Life Science Conference for Students, Belgrade, Serbia, Jan M34 (рад саопштен на скупу међународног значаја штампан у изводу): Пре избора у звање доцента: Предавања: 20. Biophysical modeling of transcription initiation, 2008 APS March Meeting, New Orleans, Louisiana, Mar The open complex formation by bacterial RNA polymerase, poster spotlight at Q-bio Conference on Cellular Information Processing, Santa Fe, Aug Quantitative modeling and data analysis of SELEX experiments, 2006 APS March Meeting, Baltimore, Maryland, Mar Quantitative modeling and analysis of data for SELEX experiments, 91st Statistical Mechanics Conference, Piscataway, New Jersey, May Biophysical approach to identification of transcription factor binding sites, 5th General Conference of the Balkan Physical Union, Vrnjacka Banja, Serbia, Aug A biophysical approach to transcription factor binding site discovery, 88th Statistical Mechanics Conference, Piscataway, New Jersey, Dec Постер презентације: 26. Modeling transcription initiation in bacteria, ICSB 2007: The eight international conference on systems biology, Long Beach, California, Oct The Open Complex Formation by Bacterial RNA Polymerase, Q-bio Conference on Cellular Information Processing, Santa Fe, Aug Quantitative Modeling of a Restriction-modification Gene Switch in Bacteria, Q-bio Conference on Cellular Information Processing, Santa Fe, Aug Binding energy vs. biological function, Systems Biology: Global Regulation of Gene Expression, Cold Spring Harbor Laboratory, New York, Mar Quantitative analysis of virulent bacteriophage transcription strategies, 9 th Annual Conference on Computational Genomics, Baltimore, Maryland, Oct Computational Analysis of Transcription Regulation: Some Principal Limits and a Novel Method, Regulation of Eukaryotic Transcription: from Chromatin to mrna, Taos, New Mexico, Apr A principal Limit in Search for Transcription Factor Binding Sites, Systems Biology: Global Regulation of Gene Expression, Cold Spring Harbor Laboratory, New York, Mar SELEX experiments: Modeling and Data Analysis, The 22nd Jerusalem Winter School in Theoretical Physics, Biological Networks and Evolution, Jerusalem, Israel, Jan Search for transcription factor binding sites - biophysics approach, XVI National Symposium on Condensed Matter Physics - SFKM, Sokobanja, Serbia, Sept Optimal design of SELEX experiments, Systems Biology: Genomic Approaches to Transcriptional Regulation, Cold Spring Harbor Laboratory, New York, Mar

17 После избора у звање доцента а пре избора у звање ванредног професора: Предавања: 36. Modeling bacterial immune systems: CRISPR/CAS regulation, The 9 th international Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2014), Novosibirsk, Russia, June A biophysical approach to bacterial transcription start site prediction, The 9 th international Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB- 2014), Novosibirsk, Russia, June CRISPR transcript processing: an unusual mechanism for rapid production of small RNAs, ICSB The 13 th International Conference on Systems Biology, Toronto, CA, Aug После избора у звање банредног професора: Предавања: 39. Assessing CRISPR-Cas design principles by biophysical modeling, 14th International Conference on Fundamental and Applied Aspects of Physical Chemistry (Physical Chemistry 2018), Belgrade, Serbia, Sept 2018 (given by PhD student Andjela Rodic). 40. Including population dynamics effects in modeling regulation of bacterial restriction modification systems, Physical Chemistry 2018, Belgrade, Serbia, Sept 2018 (by PhD student Stefan Graovac). 41. CRISPR-Cas regulation: a systems biology approach, BGRS/SB2018, 11 th International Multiconference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology Novosibirisk, Russia, Aug A Kolmogorov-Smirnov based approach for predicting bacterial transcription targets, BelBI Belgrade Bioinformatics Conference, Belgrade, Serbia, Jun Transcription initiation by alternative σ factors: revising the rigidness paradigm, 10th International Multiconference: BGRS/SB2016, Novosibirisk, Russia, Sept 2016 (by PhD student Jelena Guzina). 44. Modeling CRISPR/Cas system induction: the significance of cooperative transcription regulation, BGRS/SB2016, Novosibirsk, Russia, Sept 2016 (given by PhD student Andjela Rodic). 45. Transcription initiation by alternative σ factors, BELBI Belgrade Bioinformatics Conference, Belgrade, Serbia, June 2016 (given by PhD student Jelena Guzina). 46. Examining regulation of restriction-modification systems by quantitative modeling, BELBI Belgrade, Serbia, June 2016 (given by PhD student Andjela Rodic). 47. Achieving a rapid expression of toxic (but useful) molecules within cell, BELBI Belgrade, Serbia, June 2016 (given by PhD student Bojana Blagojevic). 48. Inferring bacteriophage infection strategies from genome sequence: analysis of acteriophage 7-11 and related phages, Bacteriophages 2015, London, UK, Jan 2016 (by PhD student Jelena Guzina). M61 (пленарна предавања на скуповима националног значаја штампана у целини): После избора у звање ванредног професора: 49. Modelling Expression Dynamics of Bacterial Immune Systems, First Congress of Molecular Biologists of Serbia (CoMBoS2017), Belgrade, Serbia, Sept M62 (пленарна предавања на скуповима националног значаја штампана у изводу): Пре избора у звање доцента: 50. Theoretical modeling of transcription initiation by bacterial RNA polymerase, Partners Meeting, OSU MBI, Columbus, Ohio, Nov Computational analysis of gene regulation, Partners Meeting, OSU, Columbus, Ohio, Nov

18 52. Biophysics and bioinformatics of transcription, Partners Meeting, OSU, Columbus, OH, Nov После избора у звање банредног професора: 53. Biophysics and Bioinformatics of CRISPR/Cas and restriction-modification systems in bacteria, Second Congress of Biologists in Serbia, Kladovo, Serbia, Sept CRISPR/Cas and restriction-modification systems: from bacterial immune systems to biotechnology applications, CRISPR Biotechnology Workshop, Belgrade City Library, Dec 2016 (given by PhD students Andjela Rodic and Tamara Stankovic). б) Остале научне активности: Пре избора у звање доцента: A. Рецензије публикација категорије M20. - Рецезент за часописе: Bioinformatics (Oxford Journals), BMC Bioinformatics (BioMed Central), BMC Biotechnology (BioMed Central), BioTechniques (Informa Life Sciences), Bulletin of Mathematical Biology (The Society for Mathematical Biology), Nucleic Acids Research (Oxford University Press), Pacific Symposium on Biocomputing, Physical Biology (Institute of Physics), PLoS Computational Biology, Proceedings of the National Academy of Sciences of USA. B. Учешће у међународним школама (није бодовано). Evolution of Molecular Networks, Kavli Institute for Theoretical Physics, Santa Barbara, California, Jan Networks in Growth, Death and Aging, Kavli Institute for Theoretical Physics, Santa Barbara, California, Feb The 22nd Jerusalem Winter School in Theoretical Physics, Biological Networks and Evolution, Jerusalem, Israel, Jan Bio-Molecular Networks, Kavli Institute for Theoretical Physics, Santa Barbara, California, January Mar Project Lab in Molecular Genetics, Columbia University, New York, После избора у звање доцента а пре избора у звање ванредног професора: A. Руковођење међународним пројектима: 1) Swiss National Science Foundation (SCOPES project), IZ73Z0_152297, Bioinformatics and modeling of bacterial immune systems - understanding control of CRISPR/Cas, , CHF ) FP7 Marie Curie International Reintegration grant, PIRG08-GA , "Bioinformatic analysis of transcription regulation: a modeling approach", European Commission - Research Executive Agency, , EUR B. Руковођење националним пројектом: 1) OI173052, "Биоинформатичко предвиђање промотора и моделовање генских кола код бактерија", Министарство просвете, науке и технолошког развоја Републике Србије. A. Чланство у уредништву међународних часописа: 1) Frontiers in Bioinformatics and Computational Biology, Frontiers Journals. B. Рецензије публикација категорије M20 (позивна писма за рецензије су у прилогу). - Bioinformatics (Oxford Journals) - 3 рецензијe - DNA Research (Oxford Journals) - 1 рецензија 18